應用下一代測序技術檢測分析鼻咽癌易感性相關單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、目的：腫瘤為多基因遺傳疾病，鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)是高發(fā)于中國南部及東亞地區(qū)的頭頸部腫瘤，其發(fā)生發(fā)展與基因密切相關。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)是繼限制性片段長度多態(tài)性和微衛(wèi)星多態(tài)性之后成立的第三代遺傳標記物，其研究有助于了解疾病發(fā)病機理、診斷、個體治療及疾病易感性。下一代測序技術(next-generation sequencin

2、g technology, NGS)是能一次性對幾十萬到幾百萬條基因分子進行序列測定的新型高通量測序技術，較聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction, PCR)、探針雜交等傳統(tǒng)基因檢測技術更加簡便快捷。因此，本課題設計應用NGS技術檢測分析NPC易感性相關SNP，以期得出NPC易感性相關SNP，從而為NPC早期預防早期篩查提供依據(jù)。
　　方法：通過檢索PubMed、Web of Science和SD英文數(shù)據(jù)

3、庫，檢索年限至2014年4月，全面收集有關東亞人群NPC易感性相關SNP的病例對照研究，合并相同基因相同SNP報道的文章進行Meta分析，剔除不足2篇報道及陰性結果的SNP，得出具有統(tǒng)計學意義的SNP。然后我們收集40例2014年6-7月就診于廣東藥學院附屬第一醫(yī)院腫瘤科經(jīng)病理確診為鼻咽癌的患者的外周靜脈血標本，同時收集40例同期同醫(yī)院體檢中心體檢正常人群的外周靜脈血標本，針對上述具有統(tǒng)計學意義的SNP設計病例對照研究，基因提取、擴增、

4、高通量儀檢測分析80例樣本的上述SNP位點情況。
　　結果：經(jīng)數(shù)據(jù)庫搜索、Meta分析得出15個 NPC易感性相關的顯著位點：TP53(rs1042522, C>G)、GSTM1(+/DEL)、IL-10(rs1800896, A>G)、GABBR1(rs2076483, T>C)、MDM2(rs2279744, T>G)、miR-146a(rs2910164, C>G)、MDS1-EVI1(rs6774494, G>A)、XPC

5、(rs2228000, C>T)、GABBR1(rs29232, G>A)、HCG9(rs3869062, A>G)、HLA-F(rs3129055, T>C)、HCG9(rs16896923, T>C)、MMP2(rs243865, C>T)、SPLUNC1(rs2752903, T>C)、SPLUNC1(rs750064, A>G)；其中miR-146a(rs2910164, C>G)、HCG9(rs3869062, A>G)、HC

6、G9(rs16896923, T>C)、MMP2(rs243865, C>T)、GABBR1(rs2076483, T>C)、TP53(rs1042522, C>G)這6個SNP位點突變可降低NPC患病風險， 其余9個SNP位點突變可增加NPC患病風險。再針對這15個位點進行病例對照研究，實驗得出：HCG9(rs3869062,A>G)基因型AG與AA基因型相比，明顯增加鼻咽癌的發(fā)病風險；GABBR1(rs29232,G>A)