中國境內(nèi)白斑綜合征病毒（WSSV）分離株的序列差異分析.pdf

1、白斑綜合癥病毒(White Spot Syndrome Virus，WSSV)是造成養(yǎng)殖對蝦大規(guī)模死亡的主要病毒性病原。該病毒是一種大型雙鏈DNA病毒，隸屬于Nimaviridae科，迄今為止共有3個WSSV基因組全序列在Genbank上公布，分別為泰國株中國臺灣株和中國大陸株。比對這3株全序列發(fā)現(xiàn)WSSV基因組中主要的可變區(qū)位點的差異方式可分為：缺失，重復(fù)單元數(shù)量差異，單核苷酸插入或缺失，單核苷酸多態(tài)性。 本實驗中采集到中國境

2、內(nèi)的13個WSSV地理分離株。設(shè)計出了針對每個可變區(qū)位點的特異性PCR引物，檢測了這些分離株在傾向缺失的可變區(qū)位點ORF23/24，ORF14/15和可能的轉(zhuǎn)座酶基因中的序列差異，ORF75,ORF94和ORF125中非同源重復(fù)區(qū)單向重復(fù)單元的數(shù)量差異以及重復(fù)單元中的SNP。結(jié)果顯示，中國境內(nèi)各地的WSSV來源是多重的，傳播過程較復(fù)雜，通過人為活動傳播的可能性較大。各個可變區(qū)在進(jìn)化上是各自獨立的。 WSSV的致病相關(guān)基因主要類型

3、有病毒囊膜蛋白基因，核衣殼蛋白基因，病毒復(fù)制過程的關(guān)鍵酶基因，細(xì)胞因子受體基因，潛伏相關(guān)基因，抑制宿主細(xì)胞凋亡機制的基因等，本實驗中檢測了8個致病相關(guān)基因在13個分離株中的序列差異，以及由此導(dǎo)致的蛋白氨基酸差異，結(jié)果顯示，存在于這8個致病相關(guān)基因中的差異共三種情況：單核苷酸多態(tài)性，單核苷酸變異，單核苷酸插入。此結(jié)果為進(jìn)一步研究各分離株的毒力差異奠定了基礎(chǔ)。 在本實驗研究過程中，PCR為主要的技術(shù)手段，為防止PCR產(chǎn)物遺留污染，在