集成化計算機化學(xué)網(wǎng)絡(luò)平臺的設(shè)計與初步實現(xiàn).pdf

1、隨著計算機和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的迅速發(fā)展，計算機輔助有機合成設(shè)計(ComputerAssistedOrganicSynthesis，CAOS)、計算機輔助藥物設(shè)計(ComputerAssistedDrugDesign，CADD)、化學(xué)信息學(xué)(Chemoinformatics)均取得了長足進展。構(gòu)建一個面向有機合成、藥物發(fā)現(xiàn)的虛擬組合衍生系統(tǒng)，利用網(wǎng)絡(luò)對現(xiàn)有化學(xué)信息進行表達和管理，對已有數(shù)據(jù)進行快速檢索和挖掘，對分子和反應(yīng)進行組合、優(yōu)化和篩選，利用

2、組合化學(xué)、構(gòu)效關(guān)系、數(shù)學(xué)分析優(yōu)化合成路線，必將對促進有機合成和生物制藥的研究和發(fā)展有相當積極的作用。 本論文所描述的集成化計算機化學(xué)網(wǎng)絡(luò)平臺就是一個基于以上思想而設(shè)計的面向有機合成、藥物發(fā)現(xiàn)的化學(xué)網(wǎng)絡(luò)信息平臺。本平臺以NKMOLSDK分子開發(fā)包為基礎(chǔ)，以UNIX和Windows操作系統(tǒng)下Apache為服務(wù)器，以MySQL為數(shù)據(jù)庫，以PHP為網(wǎng)絡(luò)開發(fā)語言的組合衍生數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。該系統(tǒng)解決了傳統(tǒng)結(jié)構(gòu)所帶來的計算耗時長、資源無法充分利用

3、、用戶必須在線長期等待結(jié)果的問題，實現(xiàn)了資源利用最大化、操作使用方便化、結(jié)果算法合理化的目的 本平臺采取開放式的構(gòu)造，能夠集成多個應(yīng)用程序，有很強的擴展性，主要包括有“開發(fā)服務(wù)”、“學(xué)習(xí)交流”、“文獻數(shù)據(jù)”、“信息發(fā)布”等幾個方面內(nèi)容，今后還將增加其它新的功能，進一步完善。 本平臺突出的特點是完成了“開發(fā)服務(wù)”中組合化學(xué)平臺的設(shè)計和應(yīng)用，用戶通過網(wǎng)絡(luò)平臺提交目標化合物通式或反應(yīng)通式，用平臺提供的107個取代基或用戶自己提

4、交的取代基替換通式中的R基團，從而組合生成數(shù)目巨大的以目標化合物為核心的組合化學(xué)分子庫。用戶提交的目標化合物不同，相應(yīng)生成的庫也不同。利用組合分子庫用戶可以篩選出可能具有較好活性的化合物。同時，用戶也可以提交目標化合物通式從平臺的通式反應(yīng)數(shù)據(jù)庫中搜尋通式反應(yīng)，為用戶發(fā)現(xiàn)合成路徑提供參考。 本平臺通過一系列的修正和調(diào)試，已經(jīng)初步達到了實用化的目的，并成功進行組合的應(yīng)用實例，這也充分證明本平臺的正確性和實用性。 總的來說，本