蛋白質(zhì)質(zhì)譜高通量分析平臺的建立及其在消化道腫瘤中的應(yīng)用性研究.pdf

1、腫瘤是一種多基因參與、多步驟發(fā)展、內(nèi)外環(huán)境交互作用下形成的復(fù)雜疾病，單一的腫瘤標(biāo)志物往往難以反映腫瘤的全貌。目前運(yùn)用生物信息學(xué)方法綜合多種腫瘤標(biāo)志物信息來相對全面的反映腫瘤特征以達(dá)到更好的診斷效果，已為大多數(shù)學(xué)者所認(rèn)同。臨床研究顯示，對惡性腫瘤而言早期診斷的意義遠(yuǎn)大于現(xiàn)有的任何一種治療方案，但現(xiàn)有常用標(biāo)志物對早期無癥狀階段腫瘤的及時發(fā)現(xiàn)能力仍遠(yuǎn)不能令人滿意。所以尋找靈敏度、特異度均高，檢測方便，無創(chuàng)的標(biāo)志物用于腫瘤早期發(fā)現(xiàn)、早期診斷已成

2、為當(dāng)務(wù)之急。食管癌、胃癌、大腸癌等消化道惡性腫瘤的發(fā)病率和死亡率一直位居各種腫瘤的前列，因此消化道惡性腫瘤的診治歷來是我國腫瘤研究領(lǐng)域的重點之一。目前，如何提高腫瘤的診斷率，尤其是早期診斷率已被公認(rèn)為是改善其療效和預(yù)后的關(guān)鍵。 由于蛋白質(zhì)而并非核酸才是生命活動的具體執(zhí)行者和體現(xiàn)者，因此深入研究消化道惡性腫瘤發(fā)病機(jī)制，尋找特異、靈敏的腫瘤標(biāo)志物用于診斷，尤其是早期診斷，客觀上要求在蛋白質(zhì)組的水平進(jìn)行進(jìn)一步探索。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在腫瘤

3、中的應(yīng)用已經(jīng)越來越廣泛。按技術(shù)和研究的目的分，腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)可以分為表達(dá)蛋白質(zhì)組學(xué)和功能蛋白質(zhì)組學(xué)。表達(dá)蛋白質(zhì)組學(xué)包括二維凝膠電泳(2-DE)，色譜與質(zhì)譜結(jié)合分析法，肽和蛋白質(zhì)的微陣列，組織陣列等等。表面加強(qiáng)激光解吸電離-飛行時間質(zhì)譜(surface-enhancedlaserdesorption/ionizationtime-of-flightmassspectrometry，SELDI-TOF-MS)是近年來發(fā)展起來的一種全新的蛋白

4、質(zhì)組學(xué)研究手段，該方法相比其它傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，具有能夠直接對臨床標(biāo)本進(jìn)行檢測，實現(xiàn)了質(zhì)譜技術(shù)高通量的用于臨床樣本檢測的優(yōu)點。但SELDI-TOF-MS實驗的重復(fù)性相對不足。 高通量的血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜法將產(chǎn)生海量的數(shù)據(jù)，對這些數(shù)據(jù)的分析和建模依賴于生物信息軟件。傳統(tǒng)的方法在分析海量數(shù)據(jù)時十分繁瑣。高通量數(shù)據(jù)分析軟件的設(shè)計方法直接決定了實驗是否可以達(dá)到高通量，并且關(guān)系到選出的峰是否是具有可重復(fù)性的真正的蛋白質(zhì)峰。 SE

5、DLI技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)方法篩選的候選血清腫瘤標(biāo)志物的純化和鑒定也是很關(guān)鍵的步驟。可以為制備相應(yīng)的單克隆抗體或多肽瘤苗等應(yīng)用研究提供資源和基礎(chǔ)，為研究腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)制提供新思路。 本課題旨在通過建立血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜的標(biāo)準(zhǔn)化方法來克服SELDI-TOF-MS實驗的重復(fù)性相對不足的問題；通過開發(fā)高通量蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析平臺實現(xiàn)海量數(shù)據(jù)的高通量分析并增加分析結(jié)果的可重復(fù)性；應(yīng)用血清蛋白質(zhì)質(zhì)譜的標(biāo)準(zhǔn)化方法及自主開發(fā)的高通量蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分