既往獻(xiàn)血人群HIV-1感染者病毒序列變異特征的研究.pdf

1、本研究的目的：確定我國(guó)安徽省阜陽(yáng)市既往獻(xiàn)血人群中HIV-1病毒流行株的亞型種類，分析該人群HIV-1 env、gag、nef礴基因的變異特征，探索這些特征與感染者所處的疾病不同階段的相關(guān)性和規(guī)律性。在本研究應(yīng)用巢式聚合酶鏈反應(yīng)(nested-PCR)對(duì)HIV-1外膜蛋白(env)基因和核心蛋白(gag)基因以及HIV-1感染的長(zhǎng)期不進(jìn)展者和緩慢進(jìn)展者的nef基因進(jìn)行擴(kuò)增，獲得244名感染者(病人)env基因v3～C3及其鄰近區(qū)域序列、2

2、45名感染者(病人)gag基因區(qū)序列以及49名感染者(病人)nef基因區(qū)序列，應(yīng)用MEGA3.1、Bioedit、VectorNTI suite8、Anthewin等軟件進(jìn)行分析，同時(shí)結(jié)合患者的疾病進(jìn)展情況進(jìn)行相關(guān)性分析。 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)顯示245名患者體內(nèi)HIV病毒的env和gag區(qū)序列均與泰國(guó)B亞型聚集在一起，未見(jiàn)重組現(xiàn)象，屬B’亞型：感染者HIV-1 env和gag區(qū)的組內(nèi)基因距離分別為9.11％和3.59％：將感染者按CD4

3、細(xì)胞計(jì)數(shù)和病毒載量水平分別進(jìn)行分層，可見(jiàn)隨CD4細(xì)胞計(jì)數(shù)降低，病毒載量水平的增加，各組基因距離呈增大的趨勢(shì)，且組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.001)。根據(jù)CD4淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)將人群分為兩組，大于500細(xì)胞/ul者為長(zhǎng)期不進(jìn)展者(Long-Term-nonprogressor，LTNP)，小于200細(xì)胞/ul者，為緩慢進(jìn)展者(Slow progressor,SP)組。研究中發(fā)現(xiàn)鯽env區(qū)V3環(huán)頂端四肽序列為三種形式(GPGR、GPGQ、GP

4、GK)，在13名長(zhǎng)期不進(jìn)展者中7人為GPGQ(53.8％)，4人為GPGR(30.8％)：在53名緩慢進(jìn)展者中，10人為GPGQ(18.9％)，33人為GPGRt(62.3％)，兩者間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.038)。 再根據(jù)其病毒載量水平將LTNP分為兩個(gè)亞組，數(shù)量級(jí)為10<'3>copies/ml的為L(zhǎng)TNP<,1>組；病毒載量的數(shù)量級(jí)為10<'4>copies/ml，稱為L(zhǎng)TNP<'2>組；流行病學(xué)資料顯示，LTNP<,

5、1>、LTNP<,2>和SP三組歷經(jīng)相同的感染時(shí)間，其nef區(qū)基因序列呈散在分布，無(wú)成組聚集現(xiàn)象；SP組的組內(nèi)基因距離(6.56±1.36％)顯著大于LTNP<'1>組(3.49±1.67％)或LTNP<,2>組(4.97±1.53％)的組內(nèi)基因距離(P<0.001)，而LTNP<,1>、LTNP<,2>兩組之間組內(nèi)基因距離無(wú)顯著差異(P=0.32)；三組氨基酸序列與我國(guó)早期流行于瑞麗的B’HIV-1毒株相比，在第50、51位點(diǎn)均有兩個(gè)

6、氨基酸的缺失；在LTNP<'1>，LTNP<,2>和SP三組的Nef區(qū)氨基酸序列中，TA<,48/49>所占比例依次呈顯著性降低的趨勢(shì)(P=0.0236)，AA<,48/49>所占比例依次呈顯著性升高的趨勢(shì)(P=0.0091)，K<'151>依次呈顯著性降低的趨勢(shì)(P=0.037)；三組Nef蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，三組Nef氨基酸序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)元件(螺旋、片層、轉(zhuǎn)角、卷曲)的總數(shù)相同，但其定位和組合形式不盡相同，并呈現(xiàn)一定的規(guī)律性

7、：兩個(gè)LTNP組在第20-25氨基酸處、52-65氨基酸處相同，而不同于SP組；LTNP<,2>組與SP組在第110-115氨基酸處相同，而不同于LTNP<,1>組。安徽省阜陽(yáng)市既往獻(xiàn)血人群HIV-1感染者體內(nèi)的病毒流行株以B’亞型為主要流行株。CD4和病毒載量作為疾病進(jìn)程不同階段的指標(biāo)，與病毒變異有相關(guān)性，即隨CD4降低、病毒載量升高，各組病毒的組內(nèi)基因距離顯著增大。HIV B’亞型V3環(huán)頂端四肽GPGQ出現(xiàn)在長(zhǎng)期不進(jìn)展者頻率較高，而

8、GPGR在進(jìn)展者常見(jiàn)。 盡管Nef蛋白攜帶特征性序列，但三組Nef序列成交錯(cuò)混和分布，提示疾病進(jìn)展為非毒株特異性;Nef蛋白氨基酸TA<,48/49>、K<,151>更多出現(xiàn)在LTNP中，而AA4~49更多出現(xiàn)在SP中，說(shuō)明這一特征性氨基酸變異可能與疾病進(jìn)展相關(guān)；組內(nèi)基因距離比較的結(jié)果預(yù)示病毒變異的多樣性與疾病的進(jìn)展階段有一定聯(lián)系，可推測(cè)緩慢進(jìn)展者體內(nèi)毒株較長(zhǎng)期不進(jìn)展者體內(nèi)毒株變異更快、多樣性更多；Nef蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)元件的定位及