人群特異標(biāo)記對(duì)風(fēng)濕病關(guān)聯(lián)研究的影響以及在關(guān)聯(lián)研究人群分層分析中的應(yīng)用.pdf

1、目的:
　　 (1)探討人群特異標(biāo)記是否混雜風(fēng)濕病(RA，AS，SLE)關(guān)聯(lián)研究結(jié)果。(2)探討中國(guó)漢族人群分層對(duì)全基因組關(guān)聯(lián)研究的影響。(3)探討人群特異標(biāo)記在中國(guó)漢族RA和對(duì)照組以及不同地區(qū)之間差異。
　　 方法:
　　 (1)利用pubmed及手工檢索方式檢索類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、強(qiáng)直性脊柱炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡易感基因、人群特異標(biāo)記以及長(zhǎng)距離連鎖不平衡區(qū)域相關(guān)文獻(xiàn)，并提取相關(guān)的位點(diǎn)和人群特異標(biāo)記及長(zhǎng)距離連鎖不平衡區(qū)

2、域。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和(http://www.scandb.org/newinterface/index.html)網(wǎng)站查詢相關(guān)易感基因及遺傳標(biāo)記在染色體上位置，將類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、強(qiáng)直性脊柱炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡易感基因和人群特異標(biāo)記、長(zhǎng)距離連鎖不平衡區(qū)域在染色體上的位置進(jìn)行比較。(2)利用主成分分析的方法對(duì)1846例中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體基因分型結(jié)果進(jìn)行分層分析，其中928例來(lái)自類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎病例組，

3、918例標(biāo)本來(lái)源于健康對(duì)照組。按地區(qū)來(lái)源其中1445例來(lái)自上海，237例來(lái)自北京，97例來(lái)自四川，57例來(lái)自沈陽(yáng)。(3)采用卡方檢驗(yàn)比較人群特異標(biāo)記等位基因頻率在病例組和對(duì)照組之間差異以及不同地區(qū)之間差異。
　　 結(jié)果:
　　 (1)通過(guò)文獻(xiàn)檢索出風(fēng)濕性疾病(RA、SLE、AS)100個(gè)位點(diǎn)左右，人群特異標(biāo)記共1004個(gè)位點(diǎn)以及41個(gè)長(zhǎng)范圍連鎖不平衡區(qū)域，并查詢相關(guān)染色體區(qū)域，進(jìn)行比較，結(jié)果提示人群特異標(biāo)記并未混雜風(fēng)濕性

4、疾病(RA，AS，SLE)關(guān)聯(lián)研究結(jié)果。(2)利用主成分分析方法對(duì)中國(guó)漢族人1846例無(wú)關(guān)個(gè)體SNPs分型數(shù)據(jù)進(jìn)行分層分析結(jié)果：中國(guó)漢族人群病例組和對(duì)照組未見(jiàn)明顯分層現(xiàn)象。同時(shí)對(duì)人群分層的指標(biāo)一基因組波動(dòng)系數(shù)(λGC)進(jìn)行計(jì)算(包括全部SNPs的基因組波動(dòng)系數(shù)λGC為1.093)，提示中國(guó)漢族人群微弱人群分層對(duì)中國(guó)漢族GWAS影響不大。對(duì)本研究樣本以地區(qū)分層之后，并未發(fā)現(xiàn)明顯的分層現(xiàn)象。(3)通過(guò)卡方檢驗(yàn)比較221個(gè)人群特異標(biāo)記等位基因

5、頻率在病例組和對(duì)照組以及不同地區(qū)之間的差異，結(jié)果提示無(wú)顯著性差異。
　　 結(jié)論：
　　 (1)通過(guò)對(duì)風(fēng)濕性疾病(RA、SLE、AS)易感基因和人群特異標(biāo)記以及可能導(dǎo)致關(guān)聯(lián)研究出現(xiàn)虛假相關(guān)的長(zhǎng)距離連鎖不平衡區(qū)域相關(guān)染色體區(qū)域結(jié)果進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)人群特異標(biāo)記以及長(zhǎng)距離連鎖不平衡未混雜RA，AS，SLE關(guān)聯(lián)研究的結(jié)果。
　　 (2)中國(guó)漢族人群未觀察到明顯人群分層現(xiàn)象，對(duì)關(guān)聯(lián)研究及GWAS影響不大。
　　 (3)