甲狀腺乳頭狀癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶的全外顯子組測序研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、背景:
  甲狀腺乳頭狀癌是十分常見的甲狀腺惡性腫瘤。其特點(diǎn)為發(fā)病率高但預(yù)后較好。甲狀腺乳頭狀癌易發(fā)生頸部淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,但由于轉(zhuǎn)移灶經(jīng)常較小,難以被術(shù)前超聲或術(shù)中觸診發(fā)現(xiàn)。因此為了降低疾病復(fù)發(fā)的可能風(fēng)險,相當(dāng)部分的術(shù)前未發(fā)現(xiàn)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的甲狀腺乳頭狀癌患者接受了預(yù)防性的中央組淋巴結(jié)清掃術(shù)。但該手術(shù)會增加喉返神經(jīng)損傷以及甲狀旁腺損傷的風(fēng)險。一個新的判斷甲狀腺乳頭狀癌患者是否存在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的檢查可以幫助檢查為陰性的患者避免進(jìn)行中央組淋巴結(jié)

2、清掃術(shù),從而降低手術(shù)相關(guān)并發(fā)癥的發(fā)生率。近年來對甲狀腺乳頭狀癌的研究發(fā)現(xiàn)了多個與疾病發(fā)生相關(guān)的突變,但淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的機(jī)制和驅(qū)動基因尚未被發(fā)現(xiàn)。全外顯子組測序技術(shù)可以發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的大量單核苷酸多態(tài)性(SingleNucleotide Polymorphism,SNP)位點(diǎn)以及可能的基因突變。對淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶標(biāo)本進(jìn)行全外顯子組測序,既可以幫助闡明轉(zhuǎn)移的機(jī)制,又可以指導(dǎo)基于疾病相關(guān)SNP的診斷工具的開發(fā)。因此本研究的目的包括:(1)通過對甲狀腺

3、乳頭狀癌原發(fā)灶及轉(zhuǎn)移灶的全外顯子組測序獲得與腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的突變與SNP;(2)解釋甲狀腺乳頭狀癌發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的可能機(jī)制。
  方法:
  本研究納入通過術(shù)前超聲、術(shù)中觸診和術(shù)后病理檢查證實(shí)存在多個淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的甲狀腺乳頭狀癌患者,并通過手術(shù)留取腫瘤原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶的標(biāo)本。通過DNA提取、純化、雜交、捕獲等步驟,對樣品進(jìn)行全外顯子組測序。對測序獲得的結(jié)果進(jìn)行嚴(yán)格的質(zhì)量控制。最終獲得的與甲狀腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的SNP位點(diǎn)經(jīng)過多種生物信息

4、學(xué)方法的篩選以及同已知的與甲狀腺乳頭狀癌發(fā)病相關(guān)的SNP數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析,獲得最終可能對轉(zhuǎn)移有重要意義的SNP和突變。
  結(jié)果:
  共獲得來自3個患者的淋巴結(jié)及原發(fā)灶樣本共9份。外顯子組測序平均深度為122×,每個樣品獲得SNP總數(shù)超過40000個。經(jīng)過篩選以及與已知數(shù)據(jù)庫對比分析后,獲得可能與轉(zhuǎn)移相關(guān)的SNP位點(diǎn)53個。進(jìn)一步篩選得到出現(xiàn)頻率較高的SNP位點(diǎn)14個。對測序結(jié)果的分析表明,BRAF突變在淋巴結(jié)的轉(zhuǎn)移中可

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