雞MDA5、LGP2基因編碼區(qū)的中性選擇分析與遺傳分化分析.pdf

1、近年來(lái)，對(duì)禽流感病毒及其相關(guān)抗性基因的研究逐漸成為生物學(xué)和遺傳學(xué)研究的重點(diǎn)。而雞缺失禽類(lèi)抗禽流感的重要基因RIG-1讓同一家族的MDA5和LGP2兩個(gè)基因成為了研究熱門(mén)。中性檢驗(yàn)同樣是近年來(lái)遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容，以中性選擇的標(biāo)準(zhǔn)模型為零假設(shè)，計(jì)算相關(guān)統(tǒng)計(jì)量，檢驗(yàn)其是否偏離中性假設(shè)的情況,得到目的區(qū)域的受選擇情況。本研究將中性檢驗(yàn)、多態(tài)性分析與基因研究相結(jié)合，對(duì)MDA5和LGP2兩個(gè)基因的編碼區(qū)進(jìn)行分析，找到候選位點(diǎn)。本實(shí)驗(yàn)以華南農(nóng)業(yè)大學(xué)

2、保存的杏花雞、隱性白羽洛克雞、清遠(yuǎn)麻雞、粵黃雞和絲羽烏骨雞，廣州市江豐實(shí)業(yè)有限公司保存的文昌雞，廣東海洋大學(xué)保存的貴妃雞和麒麟雞共8個(gè)品種為實(shí)驗(yàn)材料，以茂名紅火番鴨種苗有限公司的黑羽番鴨為外群，擴(kuò)增MDA5和LGP2編碼區(qū)，通過(guò)序列分析進(jìn)行多態(tài)性、中性檢驗(yàn)相關(guān)研究。兩個(gè)基因各有12和17個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，其中各有一個(gè)位點(diǎn)被SIFT軟件預(yù)測(cè)為引起蛋白質(zhì)功能變化的潛在突變，并發(fā)現(xiàn)雞的不耐受位點(diǎn)比例高于番鴨。而貴妃雞的MDA5顯示出與其他品種不同的

3、高保守性和純合性。利用Fst參數(shù)對(duì)兩個(gè)基因進(jìn)行品種間比較，發(fā)現(xiàn)貴妃雞的MDA5與其他品種分化較大，F(xiàn)st值都超過(guò)了0.5，顯示出極大的遺傳分化差異。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)LGP2品種間存在一個(gè)單倍型塊，并與其他4個(gè)位點(diǎn)形成連鎖不平衡關(guān)系，MDA5存在三個(gè)位點(diǎn)兩兩連鎖的情況，這些位點(diǎn)可與被SIFT預(yù)測(cè)的位點(diǎn)共同作為基因功能研究的候選位點(diǎn)。另外，本實(shí)驗(yàn)對(duì)兩個(gè)基因進(jìn)行品種間中性選擇分析，通過(guò)Tajima和Fu and Li檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn)絲羽烏骨雞的LG