狐源CDV H、F、N基因序列分析及其TaqMan熒光定量RT-PCR診斷方法的建立.pdf

1、為進一步研究犬瘟熱病毒的防控與診斷，本研究采用分子生物學技術，分別設計合成了擴增CDVH基因、F基因和N基因的三對引物。采用RT-PCR分別擴增了狐源CDV泰安株(CDV-FOX-TA)的H基因、F基因和N基因，并將其分別克隆進pMD18-T載體，進行序列測定與分析。此外本研究還設計合成了一對特異性引物與TaqMan探針，對反應體系與條件進行優(yōu)化，建立一種TaqMan熒光定量RT-PCR檢測CDV的方法，試驗結(jié)果表明： 1.CD

2、V-FOX-TAH基因含有1個ORF，全長1824bp，共編碼607個氨基酸，與CDV-A75/17株和部分野毒株編碼的氨基酸數(shù)量相同，與CDV-Onderstpoort編碼的604個氨基酸不同。CDV-FOX-TAH基因終止密碼子不是AUU而是UGA。其上存在8個潛在的天冬酰氨糖基化位點，與野毒株和疫苗株均不同，與CDV-Onderstlooort、CDV-Convac、CDV-A75/17、CDV-LP的同源性分別為89.2％、90

3、.6％、98.6％和98.7％。 2.CDV-FOX-TA的F基因含有1個ORF，全長1889bp，共編碼662個氨基酸。有4個翻譯起始密碼子，其中3個位于閱讀框內(nèi)，1個位于閱讀框外，CDV-FOX-TAF基因翻譯起始密碼子不是第1個或第2框內(nèi)ATG，因其461-463位置不是ATG而是AUA，而是可能利用與CDV-A75/17相同的第二個起始密碼子，因為CDV-FOX-TA這一區(qū)域的核苷酸與CDV-A75/17是完全保守的。C

4、DV各毒株的F基因存在較大的差異，信號肽區(qū)域變異很大，但是F0蛋白裂解點(RRQRR)、13個半胱氨酸殘基、4個潛在的天冬氨酰糖基化位點和2個疏水區(qū)都高度保守。 3.CDV-FOX-TAN基因含有1個ORF，全長1572bp，共編碼523個氨基酸，編碼的氨基酸序列可以分為三個區(qū)：N端可變區(qū)、C端可變區(qū)和中間高度保守區(qū)。CDV-FOX-TAN基因與CDV-Onderstepoort、CDV-Convac的N基因的同源性分別為96.