黃瓜綠斑駁花葉病毒和小西葫蘆黃花葉病毒全基因組序列測定及分析.pdf

1、黃瓜綠斑駁花葉病毒（Cucumber green mottle mosaic virus，CGMMV）是葫蘆科重要種傳病毒之一，屬我國潛在危險性有害生物，目前在檢疫部門常有截獲，在國內(nèi)少數(shù)地區(qū)新近發(fā)現(xiàn)。本研究通過生物學(xué)鑒定及分子檢測法確定了山東南瓜上的CGMMV分離物。
　　 1）采集泰安郊區(qū)田間栽培的南瓜樣品，根據(jù)CGMMV外殼蛋白基因序列的保守區(qū)域設(shè)計一對引物，在該樣品上檢測到CGMMV。擴(kuò)增結(jié)果表明該目的片段包含完整的外殼

2、蛋白（CP）基因，序列分析表明該CP基因由486個核苷酸組成，編碼161個氨基酸。序列比對發(fā)現(xiàn)，該分離物與來自遼寧的分離物同源性最高，為99.6％；與來自西班牙的分離物同源性最低，為91.6％。我們將該分離物命名為CGMMV-TANG。
　　 2）設(shè)計7對引物，擴(kuò)增到了CGMMV-TANG的全基因組序列，該分離物的全基因組由6424個核苷酸組成，編碼4個大的蛋白，氨基酸數(shù)目分別為：1144、1648、264、161。序列比對發(fā)現(xiàn)

3、CGMMV-TANG全基因組序列與韓國分離物的同源性最高，為99.6％；與西班牙分離物的同源性最低，為87.9％。
　　 3）對包括該分離物在內(nèi)的21個CGMMV分離物CP基因的核苷酸序列進(jìn)行同源性比較和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建，并結(jié)合寄主來源及地域來源進(jìn)行起源分析，發(fā)現(xiàn)世界范圍內(nèi)不同的CGMMV分離物可以分為兩個不同的組：Ⅰ、Ⅱ，每個組又可分為3個不同的亞組，不同組之間的同源性較低，不同分離物在分組上與地域來源有一定相關(guān)性。對CGMMV

4、全基因組序列進(jìn)行同源性比較和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建，結(jié)果表明CGMMV分離物同樣分為兩個不同的組，并且不同的分離物在分組上與地域來源有一定相關(guān)性，分組結(jié)果與基于CP基因分組的結(jié)果基本一致。
　　 小西葫蘆黃花葉病毒（Zucchiniyellow mosaic virus，ZYMV）在世界上50多個國家均有發(fā)生，是世界上危害葫蘆科作物最嚴(yán)重的病毒之一。
　　 1）根據(jù)ZYMV外殼蛋白基因序列的保守區(qū)域設(shè)計一對引物，通過RT-PCR

5、法從山東劉集、山東昌樂自然感病西瓜以及河北滄州甜瓜上擴(kuò)增得到了這三個分離物（ZYMV-LJ、ZYMV-CL和ZYMV-CZ）的外殼蛋白基因，序列分析表明這三個分離物的CP基因由840個核苷酸組成，編碼279個氨基酸。序列比對發(fā)現(xiàn)ZYMV-CZ和ZYMV-LJ的同源性很高，為100％，ZYMV-CL與前兩個分離物的同源性較低，僅為86.0％。
　　 2）設(shè)計9對引物以及采用5’-RACE法擴(kuò)增這三個分離物的全基因組序列，擴(kuò)增得到了