髓母細胞瘤差異表達microRNA的篩選及功能預測.pdf

1、目的：miRNAs是一類高度保守的非編碼RNA，通過抑制翻譯，控制mRNA剪切，促進mRNA降解等手段調控成百個靶基因，在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中都扮演著重要角色。有關miRNA和腦腫瘤關系的研究也越來越多，本課題旨在尋找髓母細胞瘤中差異表達顯著的microRNAs(miRNAs)，利用生物信息學手段探求其生物學功能，為探明miRNAs調控髓母細胞瘤發(fā)生機制及今后研究提供理論指導和實驗依據(jù)。
　　 方法：收集髓母細胞瘤癌組織和癌旁組織標

2、本，采用Exiqon公司的miRNA芯片miRCURYTM LNA Array(v13.0)獲得差異表達的miRNAs，對其中差異顯著的且未見文獻報道的目的miRNA進行定量PCR驗證。利用TargetScanHuman在線軟件預測該miRNA的潛在靶基因，然后運用GO Tree Machine軟件對其靶基因列表進行GO注釋聚類以得到這些基因富集的功能范疇，再利用DAVID在線平臺預測出靶基因所富集的生物學通路。
　　 結果：芯

3、片篩查出在髓母細胞瘤中比對照組上調2倍以上的miRNAs有21個，下調2倍以上的有127個。其中miR-130a經(jīng)實時定量PCR驗證，與芯片結果一致，呈現(xiàn)明顯下調。TargetScanHuman5.1預測了miR-130a的潛在靶基因，得到265個靶基因。采用GO Tree Machine分析靶基因所富集的GO條目，在biologicalprocess范疇內，有36個靶基因與神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育有關。由DAVID預測的靶基因富集明顯的通路有7條

4、，由DAVID預測出靶基因富集明顯的通路，其中，MAPK信號通路，TGF-β信號通路，粘著連接通路，Wnt通路都包含在腫瘤通路條目下，表明miR-130a調控的候選靶基因與癌癥的生物學過程緊密相關。值得注意的是，已被實驗證明在髓母細胞瘤中發(fā)揮重要作用的Ras/MAPK通路也包含其中，并且該通路中的關鍵基因PDGFRA是miR-130a的靶基因。
　　 結論：髓母細胞瘤miRNAs表達譜結果表明多個miRNAs表達發(fā)生明顯改變，且