某些腫瘤蛋白組質(zhì)譜數(shù)據(jù)的分析模型及其應(yīng)用.pdf

1、近年來(lái)，腫瘤已經(jīng)嚴(yán)重威脅人類健康。尋找腫瘤的潛在生物標(biāo)記對(duì)惡性腫瘤的早期診斷和治療起到非常重要的作用。基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析能為腫瘤的早期診斷提供有力手段。從海量的腫瘤質(zhì)譜數(shù)據(jù)中挖掘具有樣本差異的標(biāo)志物或者可以體現(xiàn)樣本差異的特征，對(duì)惡性腫瘤標(biāo)記物的識(shí)別具有重要的價(jià)值。本文在對(duì)腫瘤質(zhì)譜的數(shù)據(jù)分析中，提出了一種從SELDI血清蛋白質(zhì)中提取樣本特征的方法。此方法具有較高的準(zhǔn)確率、敏感性與特異性。具體工作如下：
　　(1)從蛋白

2、組學(xué)質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)中，采用重采樣、基線校正、標(biāo)準(zhǔn)化、平滑、峰識(shí)別與提取、峰值對(duì)比等手段，提取到了具有較高可靠性的質(zhì)譜峰值。
　　(2)提出了兩種圖形表示的方法，一種是將峰值轉(zhuǎn)化為氨基酸序列，另外一種是將峰值轉(zhuǎn)化為0-1序列。通過(guò)序列對(duì)比來(lái)提取代表樣本差異的特征，并將特征看成腫瘤樣本的標(biāo)志物。
　　(3)根據(jù)樣本特征，構(gòu)建了樣本二分類模型。本文將支持向量機(jī)運(yùn)用到腫瘤標(biāo)志物的分類器實(shí)現(xiàn)上，并對(duì)模型參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化。與其他方法結(jié)果的比較