HCV感染者病毒基因型、NS5B區(qū)耐藥相關(guān)變異及其耐藥屏障分析.pdf

1、丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）是引起慢性肝炎主要病原體之一，全球有1.85億丙肝病毒感染者，約占世界人口的3％，我國丙肝感染率為3.2%。2014年國家衛(wèi)計委統(tǒng)計的新發(fā)病人數(shù)為20.3萬，發(fā)病率0.43%，與2013年比有下降趨勢，但我國現(xiàn)已有幾千萬HCV感染者。感染HCV后僅約20％患者可實現(xiàn)病毒清除，大多數(shù)患者將終生攜帶HCV，丙肝比乙肝更容易發(fā)展成慢性肝炎、肝硬化及肝癌。HCV感染已成為嚴重的社會和公共

2、衛(wèi)生問題。
　　不同地區(qū)HCV基因型不同，不同HCV基因型所致的肝炎標準治療方案不同，了解我國或某地區(qū)的HCV基因型將有助于HCV的流行病學調(diào)查和丙肝治療方案的選擇；耐藥點監(jiān)測是發(fā)揮直接抗病毒藥物療效、節(jié)約成本的關(guān)鍵，也是類似藥物開發(fā)前的必修課，了解我國HCV序列耐藥位點堿基及氨基酸多態(tài)性，有助于指導(dǎo)HCV NS5B區(qū)抑制劑的開發(fā)、引進和使用。
　　1．中國丙型肝炎病毒基因型分布的系統(tǒng)回顧及meta分析
　　目的：了解

3、我國丙型肝炎病毒基因型分布特點
　　方法：檢索pubmed數(shù)據(jù)庫、萬方數(shù)據(jù)庫、中國醫(yī)院知識庫以及中國生物醫(yī)學獻數(shù)據(jù)庫，收集2012年1月至2014年12月公開發(fā)表的有關(guān)中國丙型肝炎病毒基因型的文獻數(shù)據(jù)，進行系統(tǒng)回顧及meta分析。
　　結(jié)果：我國HC V亞型仍以1b為主，但6a亞型已經(jīng)超過2a成為第二大亞型，3b和3a在構(gòu)成比上有增加的趨勢，其他亞型也在明顯增加；由于我國地域廣闊，各地區(qū)間亞型分布差別較大，很難對各亞型進行匯

4、總分析。
　　結(jié)論：我國的HCV亞型有多樣化發(fā)展趨勢；預(yù)防部門在制定丙肝的防控措施時應(yīng)該考慮地域因素的差異。
　　2．用生物信息學方法確定最能替代HCV全基因組分型的最佳區(qū)域
　　目的：確定最能替代HCV全基因組分型的區(qū)域，為簡化HCV全基因組分型提供理論依據(jù)。
　　方法：從丙肝數(shù)據(jù)庫中獲得c ore區(qū)、E1區(qū)、E2區(qū)和NS5B區(qū)常用測序區(qū)序列，分別建NJ系統(tǒng)進化樹。
　　結(jié)果：co re區(qū)構(gòu)建的NJ系統(tǒng)進

5、化樹顯示未能把C亞型和A亞型分開，1CAY651061位于1A中；E1區(qū)未把A亞型與B亞型分開，1B AY746882位于1A中，1A AY388455位于1B中；E2區(qū)未把A亞型與C亞型分開，1A E U529679位于1C中；NS5B區(qū)序列和全基因組序列均正確分類顯示。
　　結(jié)論：確定最能替代HC V全基因組分型的最佳區(qū)域為NS5B區(qū)。
　　3．中國HCV NS5B區(qū)耐藥相關(guān)變異及其耐藥基因屏障分析
　　目的：了解

6、我國丙肝患者HCV NS5B區(qū)抑制劑各耐藥點氨基與堿基多態(tài)性；了解我國現(xiàn)有天然HCV序列在sofosbuvi藥物（NS5B RdRp抑制劑）壓力下發(fā)生堿基突變從而產(chǎn)生耐藥氨基酸的難易程度。
　　方法：我們通過文獻獲得耐藥位點，通過基因庫獲得我國HCV NS5B區(qū)序列，并分析這些序列在耐藥點上的堿基和氨基酸多態(tài)性；我們對已納入歐美慢性丙肝標準治療方案的NS5B區(qū)抑制劑sofosbuvir耐藥位點S96T和S282T進行耐藥基因屏障分

7、析。
　　結(jié)果：發(fā)現(xiàn)17個耐藥位點有8個未見原始耐藥氨基酸，但有9個位點出現(xiàn)耐藥氨基酸，集中在316、424、482、494四個位點；發(fā)現(xiàn)96號位置100%的序列可通過1個密碼子的轉(zhuǎn)變出現(xiàn)耐藥氨基酸，282號位置有99.7%可通過1個密碼子的轉(zhuǎn)變出現(xiàn)耐藥氨基酸，而且耐藥屏障評分均為1分。
　　結(jié)論：我國引進和開發(fā)針對NS5B區(qū)的抑制劑時，應(yīng)避免針對316、424、482、494四個位點的藥物；我國HCV序列在sofosbuv

8、ir藥物壓力下產(chǎn)生耐藥氨基酸是比較容易的，該類藥物的引入需要慎重。
　　4．四川省HCV基因亞型流行情況及其耐藥基因屏障分析
　　目的：了解四川三地HCV基因亞型流行情況及耐藥點氨基多態(tài)性
　　方法：經(jīng)過臨床陽性標本篩選、NS5B區(qū)PCR擴增、質(zhì)粒構(gòu)建擴增、測序，獲得HCV NS5B區(qū)序列。對這些測序結(jié)果進一步建樹分型、耐藥點基因屏障分析，從而了解四川三地HCV序列耐藥點氨基酸多態(tài)性和282號突變點基因耐藥屏障情況。<

9、br>　　結(jié)果：發(fā)現(xiàn)宜賓和瀘州均是以3b和1b為主，宜賓和瀘州各亞型構(gòu)成比極為相似，而成都以1b和3b為主；四川三地HC V序列在15個耐藥點中有6個出現(xiàn)了耐藥氨基酸；282號氨基酸密碼子（AGC、AGU）均可通過1個密碼子突變轉(zhuǎn)換為耐藥氨基酸，而且耐藥屏障評分均為1分。
　　結(jié)論：在開發(fā)和引進NS5B區(qū)抑制劑時應(yīng)避免以316號、365號、414號、424號、482號和494號為靶點的藥物；在sofosbuvir藥物壓力下四川省丙