環(huán)境因子對(duì)三萜含量影響的正交分析及羥甲基戊二酰輔酶A還原酶基因的克隆、分析.pdf

1、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文環(huán)境因子對(duì)三萜含量影響的正交分析及羥甲基戊二酰輔酶A還原酶基因的克隆、分析姓名：李娜申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：微生物學(xué)指導(dǎo)教師：趙明文20060601南京農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士論文；環(huán)境因子對(duì)三萜含量影響的正交分析及羥甲基戊二酰輔酶A還原酶基因的克隆、分析將靈芝聊GcoA還原酶基因全長(zhǎng)cDNA序列和基因組DNA序列進(jìn)行比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)靈芝HMGCoA還原酶基因全長(zhǎng)中，含有7個(gè)外顯子和6個(gè)內(nèi)舍子將靈芝HMGCoA還原酶基因全長(zhǎng)c

2、DNA序列進(jìn)行Blast分析，發(fā)現(xiàn)與基因具有較高同源性的物種是新型隱球菌(￡aPof02“mans)，兩者N一端同源性達(dá)到46％，C端保守催化域同源性達(dá)到83％對(duì)靈芝HMGcoA還原酶基因進(jìn)行一系列生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)HMG—CoA還原酶基因內(nèi)存在2個(gè)保守的HMGCoA結(jié)合位點(diǎn)E(838)和T(867)和2個(gè)NAD(H)結(jié)合住點(diǎn)D(963)和G(1112)；含兩段PEST序列K(653)扣R(725)；對(duì)跨膜結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)蛋白內(nèi)舍

3、3個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)，分別位于氨基酸：V(13)一L(35)，L(222)一A(244)N(251)一L(270)：在N一端存在1個(gè)信號(hào)肽序列，最可能的切割位點(diǎn)在笫30和第31個(gè)氨基酸之間：TLAYF；對(duì)HMGCoA還原酶二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)了1個(gè)依賴于cAMP的蛋白激酶的磷酸化結(jié)合位點(diǎn)以及12個(gè)蛋白激酶c磷酸化位點(diǎn)。其二級(jí)結(jié)構(gòu)內(nèi)，有415％螺旋結(jié)構(gòu)，113％的折疊結(jié)構(gòu)和471％的無(wú)規(guī)則卷曲利用Clustx和MEGA3O建了靈芝HMGR基因的

4、系統(tǒng)進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)其與真菌界中擔(dān)子茵親緣關(guān)系最為密切，進(jìn)化關(guān)系符合經(jīng)典的物種分類的結(jié)果通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性RTPCR的方法，研究了不同碳源培養(yǎng)條件下，靈芝HMGCoA還原酶基因的表達(dá)情況，表明不同碳源培養(yǎng)條件HMGCoA還原酶基因表達(dá)量有所差異，這種差異與三萜含量的變化呈正相關(guān)。根據(jù)靈芝HMGCoA還原酶基因組DNA序列，設(shè)計(jì)引物，以總基因組DNA為模板，擴(kuò)增了其上游啟動(dòng)子序列，該序列長(zhǎng)約2Kb，用Soflberry軟件對(duì)啟動(dòng)子序列進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)靈