類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者關(guān)節(jié)成纖維樣滑膜細(xì)胞差異表達(dá)lncRNAs檢測(cè)及初步生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的：長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long noncoding RNA，lncRNA）作為介導(dǎo)基因表達(dá)調(diào)控的功能性RNA分子，參與機(jī)體多種生理和病理過(guò)程。然而，有關(guān)lncRNA分子在類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎（rheumatoid arthritis，RA）患者成纖維樣滑膜細(xì)胞（fibroblast-like synoviocytes，F(xiàn)LSs）中的功能和作用機(jī)制尚未見(jiàn)報(bào)道。本文通過(guò)分析研究RA患者和外傷患者關(guān)節(jié)FLSs中差異表達(dá)的lncRNAs，初步探索ln

2、cRNAs在RA發(fā)生發(fā)展中的作用。
　　方法：取手術(shù)切取的3例RA患者和3例外傷患者的膝關(guān)節(jié)滑膜組織，原代培養(yǎng)滑膜FLSs至第3代。用Arraystar Human LncRNA Microarray V3.0對(duì)FLSs中的lncRNAs和mRNAs進(jìn)行檢測(cè)，篩選出差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs（差異倍數(shù)>2，P<0.05）。對(duì)轉(zhuǎn)錄差異表達(dá)mRNAs的基因進(jìn)行基因本體和信號(hào)通路分析。隨后用實(shí)時(shí)熒光定量PCR擴(kuò)大樣本量驗(yàn)證可能

3、與RA發(fā)病機(jī)制有關(guān)的差異表達(dá)mRNAs和lncRNAs。分析差異表達(dá)的lncRNAs與RA相關(guān)的實(shí)驗(yàn)室指標(biāo)和疾病活動(dòng)性指數(shù)之間的關(guān)系。進(jìn)行受試者工作特征曲線（ROC）分析，評(píng)估差異表達(dá)的lncRNAs對(duì)RA的診斷價(jià)值。采用Cytoscape軟件構(gòu)建mRNA-lncRNA共表達(dá)分析網(wǎng)絡(luò)，分析預(yù)測(cè)差異表達(dá)的lncRNAs功能和致病機(jī)制。
　　結(jié)果：1.芯片結(jié)果顯示，與對(duì)照組（CON-FLSs）相比，RA-FLSs中共發(fā)現(xiàn)有135條 l

4、ncRNAs差異表達(dá)，其中62條上調(diào)，73條下調(diào)；103條mRNAs差異表達(dá)，其中36條表達(dá)上調(diào)，67條表達(dá)下調(diào)。
　　2.定量PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示，與CON-FLSs相比，RA-FLSs中ENST00000483588表達(dá)上調(diào)，ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表達(dá)下調(diào)，和芯片結(jié)果一致。
　　3. ENST00000483588、ENST00000438399、uc004af

5、b.1和ENST00000452247的ROC曲線下面積分別為0.85，0.92，0.97和0.92，提示這些差異表達(dá)的lncRNAs可能對(duì)RA有一定的診斷價(jià)值。此外，在RA患者中，ENST00000483588的表達(dá)水平與C-反應(yīng)蛋白（CRP）水平和簡(jiǎn)化的疾病活性指數(shù)（SDAI）得分呈正相關(guān)。
　　4. lncRNA-mRNA共表達(dá)分析結(jié)果顯示ENST00000483588、ENST00000438399、uc004afb.1和

6、ENST00000452247分別和9、9、8和12個(gè)mRNAs有較一致的表達(dá)模式。
　　5.基因本體分析結(jié)果顯示，上調(diào)的mRNAs參與了373個(gè)生物學(xué)過(guò)程，15個(gè)細(xì)胞組成成分，34個(gè)分子功能；下調(diào)的mRNAs參與了129個(gè)生物學(xué)過(guò)程，17個(gè)細(xì)胞組成成分，20個(gè)分子功能。信號(hào)通路分析結(jié)果顯示，上調(diào)的mRNAs參與了9條信號(hào)通路，下調(diào)的mRNA參與了27條信號(hào)通路。
　　結(jié)論：1.與對(duì)照組相比，RA-FLSs中l(wèi)ncRNAs表

7、達(dá)譜發(fā)生了顯著變化，其中ENST00000483588表達(dá)上調(diào)，ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表達(dá)下調(diào)。ENST00000483588表達(dá)水平與疾病活動(dòng)性指標(biāo)CRP水平及SDAI得分呈正相關(guān)關(guān)系，可能對(duì)診斷和評(píng)估RA疾病活動(dòng)性有潛在的價(jià)值。
　　2．生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示，RA-FLSs中差異表達(dá)的編碼基因參與了雷帕霉素靶蛋白（mTOR）、低氧誘導(dǎo)因子（HIF-1）、細(xì)胞凋亡等