登革病毒全基因序列的時(shí)空特點(diǎn)和登革熱以及重癥登革的病原學(xué)診斷、臨床特點(diǎn)和預(yù)后預(yù)測(cè)分析.pdf

1、本文主要從以下幾個(gè)部分展開(kāi)論述：
　　第一部分我國(guó)大陸登革病毒全基因的時(shí)空分析
　　研究方法:
　　從NCBI的GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)中下載我國(guó)大陸1978年至2011年登革病毒全長(zhǎng)基因序列，并同時(shí)下載國(guó)際公認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)株序列，即:登革病毒Ⅰ型夏威夷株（DENV-1，Hawaii株）、登革病毒Ⅱ型新幾內(nèi)亞株(DENV-2，New guinea-C株)、登革病

2、毒Ⅲ型H87株（DENV-3，H-87株）和登革病毒Ⅳ型H241株（DENV-4，H241株）。將DENV-1和DENV-2病毒的基因序列裝載到Mega5.05軟件中進(jìn)行多序列比對(duì)，比對(duì)完成后構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)和基因的遺傳進(jìn)化距離。
　　對(duì)四種血清型的氨基酸變異分析，使用統(tǒng)計(jì)軟件SPSS13.0軟件。計(jì)量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差((x)±S)。對(duì)于符合參數(shù)檢驗(yàn)的多組之間采用One-Way ANOVA（檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量:F），兩組間采用Stude

3、nt-t Test（檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量:t）;對(duì)于不符合參數(shù)檢驗(yàn)的多組之間采用非參數(shù)檢驗(yàn):Kruskal-Wallis檢驗(yàn)（檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量:x2）、Mann-Whitney U檢驗(yàn)（檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量:Z），取雙側(cè)P＜0.05為有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
　　研究結(jié)果:
　　1.共納入分析登革病毒40株，其中DENV-1為19株，DENV-2為11株，DENV-3為6株，DENV-4為4株。DENV-1和DENV-2的14個(gè)基因區(qū)域與全基因構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)不完

4、全相似，并且各個(gè)基因的遺傳進(jìn)化距離變異較大。
　　2.根據(jù)登革病毒的四種血清型分為四組:DENV-1氨基酸突變個(gè)數(shù)為85.211±13.252個(gè);DENV-2為72.727±21.448個(gè);DENV-3為59.167±22.649個(gè);DENV-4為82±18.129個(gè)。統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果顯示四種血清型的登革病毒之間的氨基酸變異個(gè)數(shù)具有顯著性統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(F=5.661，p=0.003)，進(jìn)一步的多重比較選LSD法，DENV-1與DENV-

5、2和DENV-3氨基酸變異數(shù)存在顯著性差異(p=0.002和p=0.003)，其余組之間無(wú)顯著性差異，說(shuō)明DENV-1的氨基酸變異個(gè)數(shù)最多。
　　3.根據(jù)登革病毒的分離時(shí)間和血清型分為四組:1991年至2000年的DENV-1，共5株，開(kāi)放閱讀框的氨基酸變異個(gè)數(shù)82±6.7個(gè);2001年至2010年的DENV-1，共12株，氨基酸變異個(gè)數(shù)為89.2±14.2個(gè);1991年至2000年的DENV-2，共4株，氨基酸變異個(gè)數(shù)為74.8

6、±7.8個(gè);2001年至2010年的DENV-2，共4株，氨基酸變異個(gè)數(shù)為70.0±5.7個(gè)。統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果顯示四組之間的氨基酸變異個(gè)數(shù)具有顯著性統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(F=3.671，p=0.029);進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)以2000年以后流行的DENV-1和DENV-2病毒株的E基因區(qū)域（非參數(shù)檢驗(yàn)-Mann-Whitney U法）和NS1基因區(qū)域（參數(shù)檢驗(yàn):Students-t法）的氨基酸變異個(gè)數(shù)存在顯著性統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（E基因區(qū)域:Z=2.961，p=0

7、.003; NS1基因區(qū)域:t=4.896，p＜0.001）。
　　4.進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)在DENV-1病毒株的E基因區(qū)域出現(xiàn)N290D、L402F和A473T的突變，在NS1區(qū)域中出現(xiàn)R101K、G105R、D340E和L349M的突變，而這些突變位點(diǎn)在DENV-2病毒株中未出現(xiàn)。
　　5.根據(jù)登革病毒流行的地點(diǎn)分為兩組:流行于廣州地區(qū)的DENV-1共14株，NS3的氨基酸變異個(gè)數(shù)為12.1±2.0個(gè);非廣州地區(qū)的DENV-1

8、共5株，NS3基因區(qū)域的氨基酸變異個(gè)數(shù)為9.8±1.8個(gè)。流行于廣州地區(qū)的DENV-1病毒株，其N(xiāo)S3區(qū)氨基酸變異數(shù)高于非廣州地區(qū)，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性意義(t=2.3，p=0.034);廣州地區(qū)的DENV-2共4株，NS3基因區(qū)域的氨基酸變異個(gè)數(shù)為12.8±1.5個(gè)，非廣州地區(qū)的DENV-2共7株，NS3基因區(qū)域的氨基酸變異個(gè)數(shù)為8.4±4.5個(gè)，流行于廣州地區(qū)的DENV-2病毒株，其N(xiāo)S3區(qū)的氨基酸變異數(shù)高于非廣州地區(qū)，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯

9、著性意義(Z=2.2，p=0.042)。
　　第二部分NS1蛋白捕獲法診斷登革熱的系統(tǒng)評(píng)價(jià)
　　研究方法:
　　制定文獻(xiàn)納入標(biāo)準(zhǔn)，需要實(shí)驗(yàn)室確診為登革病毒感染，以下三種方法之一，即病毒的分離和鑒定、病毒RNA檢測(cè)和IgM和/或IgG血清學(xué)轉(zhuǎn)換的血清學(xué)的檢測(cè)，同時(shí)報(bào)道有NS1檢測(cè)結(jié)果;納入研究的登革病毒感染人群和對(duì)照人群的樣本量，每組至少50例。檢索數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI PubMed、ISI Web of Science、Go

10、ogle學(xué)術(shù)和中國(guó)學(xué)術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)(the Chinese National Knowledge Infrastructuredatabases，CNKI)，檢索的時(shí)間設(shè)定均從建庫(kù)到2012年10月。檢索詞以“dengue”、“NS1”或“non-structure1”、“diagnosis”主題詞進(jìn)行布爾邏輯搭配檢索。提取數(shù)據(jù)，評(píng)價(jià)納入研究的文獻(xiàn)質(zhì)量，并使用STATA11.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。
　　研究結(jié)果:
　　共納入

11、18篇觀察性研究，12313患者。單用NS1檢測(cè)法，分為兩種，即酶聯(lián)免疫吸附法和免疫層析法。登革熱病毒血清分型:DENV-1為50％-90.9％之間，DENV-2為38.5-85.7％，DENV-3為46.7-91.3％和DENV-4為21.7-87％。
　　第三部分臨床癥狀和體征預(yù)測(cè)重癥登革熱的系統(tǒng)評(píng)價(jià)
　　研究方法:
　　制定文獻(xiàn)納入標(biāo)準(zhǔn)，符合登革熱診斷標(biāo)準(zhǔn)，不限納入研究的類(lèi)型，可以是觀察性研究，明確將患者分為登革

12、熱和重癥登革熱（登革出血熱或登革休克綜合征），并能分別獲得各組患者臨床癥狀和體征的信息。
　　研究結(jié)果:
　　16篇研究納入分析，共納入分析11個(gè)因素，分別為:性別、惡心/嘔吐、出血（牙齦出血、鼻出血、嘔血和黑便）、頭痛、腹痛、眶后痛、皮疹、腹瀉、肝腫大、乏力和束臂試驗(yàn)。
　　第四部分2014年廣東省212例登革熱的臨床特征分析
　　研究方法:
　　納入2014年6月至10月在南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院和廣州市第

13、八人民醫(yī)院住院的登革熱患者回顧性分析，入選標(biāo)準(zhǔn)患者符合2009年WHO發(fā)布的登革熱診療指南的診斷標(biāo)準(zhǔn)。
　　采用SPSS13.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)于符合參數(shù)檢驗(yàn)的計(jì)量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(x±S)表示，組間比較采用t檢驗(yàn)(Student's t test);不符合參數(shù)檢驗(yàn)的計(jì)量資料采用中位數(shù)和極大值、極小值表示，組間比較采用非參數(shù)檢驗(yàn)（Kruskal-Wallis test）。采用MedCalc軟件繪制受試者工作特征曲線(xiàn)(Rec

14、eiverOperating Characteristic Curve，ROC曲線(xiàn)），并統(tǒng)計(jì)ROC曲線(xiàn)下面積(Area Underthe ROC，AUC)，以及臨界值。二分類(lèi)的Logistic回歸用于分析預(yù)測(cè)重癥登革熱的因素。P值取雙側(cè)，且P＜0.05有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
　　研究結(jié)果:
　　共納入212例住院患者，平均年齡為40.6±16.0歲，男性102例，女性110例，登革熱組患者為174例，重癥登革熱組患者38例。兩組患者

15、在性別上存在顯著性差異(p=0.003)，重癥登革熱患者女性較多。兩組患者的臨床表現(xiàn)中，重癥登革熱患者中出現(xiàn)意識(shí)障礙、嗜睡、黃疸、胸腔積液、腹水、HCT升高超過(guò)20％伴血小板快速降低和陰道出血顯著高于登革熱患者（p均小于0.05）。血液學(xué)參數(shù)結(jié)果提示重癥登革熱患者的丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶（ALT）、草氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶(AST)、白細(xì)胞計(jì)數(shù)(WBC)、活化部分凝血酶原時(shí)間(APTT)和凝血酶原時(shí)間(PT)顯著性高于登革熱患者（p均小于0.05），

16、而白蛋白(ALB)和PLT計(jì)數(shù)(PLT)則均顯著性低于登革熱患者。AST和ALB對(duì)診斷重癥登革熱的價(jià)值較低(ROC曲線(xiàn)下面積在0.5-0.7之間)，ALT、WBC和APTT診斷重癥登革熱的價(jià)值也較低（雖然ROC曲線(xiàn)下面積在0.7-0.9之間，但是95％置信區(qū)間包含有0.5），PLT和PT對(duì)重癥登革熱的診斷，其準(zhǔn)確性中等。
　　結(jié)論:
　　1.2000年以后主要為DENV-1的流行，E基因和NS1基因區(qū)域的氨基酸突變可能是原因

17、之一;而不同區(qū)域的DENV-1和DENV-2的流行程度可能與NS3基因區(qū)域的氨基酸突變有關(guān)。
　　2.單用NS1檢測(cè)法可以用來(lái)確診登革病毒的感染，NS1聯(lián)合IgM檢測(cè)法可以用來(lái)監(jiān)測(cè)登革熱。NS1檢測(cè)法可以鑒別出DENV-1和DENV-3。此外，商用Dengue NS1 Ag STRIP試劑是診斷和病毒血清分型的最佳試劑。
　　3.登革熱患者存在惡心/嘔吐、持續(xù)腹痛、皮疹、明顯出血傾向和肝腫大的登革熱患者更易進(jìn)展為重癥登革熱，