雞MC1R基因的SNPs分析與染色體定位.pdf

1、黑素皮質(zhì)素受體1(melanocortin 1-receptor,MClR)基因是控制動(dòng)物黑色素合成的重要基因.該研究以MClR基因作為控制雞黑色素合成的候選基因,以中國農(nóng)業(yè)大學(xué)的研究黑色素性狀的資源家系雞(由體內(nèi)有廣泛黑色素沉積的絲羽烏骨雞和無黑色素沉積的明星肉雞為親本雜交產(chǎn)生)親本代和F<,2>代群體為材料,采用單鏈構(gòu)象多態(tài)(Single-strand Conformation Polymorphism,SSCP)、限制性內(nèi)切酶片段

2、長度多態(tài)(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)以及DNA測序的方法,對(duì)雞MClR的整個(gè)編碼區(qū)與5'與3'非編碼區(qū)進(jìn)行了單核昔酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的檢測,將檢測到的SNPs與雞黑色素性狀的關(guān)系進(jìn)行了分析,以探討將MClR基因作為控制雞黑色素沉積的候選基因的可能性.該研究首先利用PCR-SSCP與PCR-RFLP的方法在資源家

3、系群體雞MClR基因的編碼區(qū)與5'與3'非編碼區(qū)檢測到4個(gè)單核苷酸多態(tài)位點(diǎn),并對(duì)該單核苷酸多態(tài)性進(jìn)行了分析,結(jié)果顯示,雞MClR基因編碼區(qū)3個(gè)單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)分別是由第867核苷酸位置處G→A轉(zhuǎn)換,第1292位核苷酸位置處的C→T顛換與第1377核苷酸位置處的C→G顛換引起的,其中G→A(867位)的轉(zhuǎn)換使137位的氨基酸由Ala(A)變?yōu)門hr(T),1377核苷酸位置處的C→G顛換導(dǎo)致307位的氨基酸由Arg(R)→Gly(G).5

4、'非編碼區(qū)的1個(gè)SNP是由第191核苷酸位置處的C→A顛換引起的.接下來,該研究進(jìn)一步對(duì)單核苷酸多態(tài)性與雞的膚色、肉色、脛色等黑色素性狀進(jìn)行了卡方獨(dú)立性分析,結(jié)果表明,MClR基因5'非編碼區(qū)191處的突變與雞的膚色性狀與肉色性狀極顯著相關(guān)(P<0.01),MClR基因867核苷酸位置處的G→A轉(zhuǎn)換與雞的膚色性狀顯著相關(guān)(P<0.05),第1377核苷酸位置處的C→G顛換與雞的肉色性狀顯著相關(guān)(P<0.05),第1292核苷酸位置處的C

5、→T轉(zhuǎn)換與雞的活體脛色性狀顯著相關(guān)(P<0.05).但這幾處單堿基突變與其它黑色素性狀相關(guān)不顯著(P>0.05).最后,該研究利用雞Chick RH6放射雜交板,對(duì)MClR基因進(jìn)行了染色體上的精細(xì)定位,結(jié)果是把MClR基因定位在雞第11號(hào)染色體末端,位于標(biāo)記ROS0112(X035)與ADL0033之間的位置.這是迄今為止雞MClR基因在染色體上的最為精確的定位結(jié)果.該研究結(jié)果表明,雞MClR基因的突變與雞的膚色、肉色、活體脛色這幾處雞