多種虛擬篩選工具的比較研究及其組合運(yùn)用.pdf

1、隨著計(jì)算技術(shù)的飛速發(fā)展和世界各地藥物的需要急劇增加，藥物研發(fā)已在過(guò)去60年里成為一個(gè)熱點(diǎn)問(wèn)題。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(CADD)在藥物發(fā)現(xiàn)過(guò)程中起到了日益重要的作用。傳統(tǒng)的藥物篩選方法對(duì)于研究機(jī)構(gòu)和制藥公司來(lái)說(shuō)難以負(fù)擔(dān)。所以，在計(jì)算機(jī)上的虛擬篩選經(jīng)常用于優(yōu)化高通量篩選實(shí)驗(yàn)。這可以使藥物研發(fā)的成本壓低到一較低的水平。
　　分布式計(jì)算是指利用分布式系統(tǒng)來(lái)解決計(jì)算問(wèn)題，其中的基本組件通信通過(guò)在分布式計(jì)算機(jī)傳遞消息來(lái)協(xié)調(diào)它們的行動(dòng)。任務(wù)被分成

2、許多子任務(wù)，其中的每一個(gè)由一個(gè)或多個(gè)處理器解決。對(duì)于每個(gè)分布式作業(yè)有一個(gè)管理主機(jī)負(fù)責(zé)拆分工作，提交子任務(wù)和整合結(jié)果。依賴于程序，管理節(jié)點(diǎn)可以在本地主機(jī)上或在遠(yuǎn)程主機(jī)上運(yùn)行。硬件和軟件調(diào)試是在建立高通量虛擬篩選通道過(guò)程中重要的一環(huán)，其中計(jì)算節(jié)點(diǎn)的兼容性，數(shù)據(jù)同步，合并文件和簡(jiǎn)便的腳本都是重要的因素。
　　適當(dāng)?shù)剡x擇打分函數(shù)也是我們方法驗(yàn)證的過(guò)程中遇到的問(wèn)題。選擇了已知很多抑制劑的Aurora-A激酶和HDM-1內(nèi)酰胺酶等作為靶點(diǎn)來(lái)比

3、較分析各種各樣的篩選方法如Liga ndfit, GLIDE HTVS，GLIDE SP, GLIDE XP和Surflex，來(lái)說(shuō)明基于分布式計(jì)算的虛擬篩選方法的合理性。Aurora-A，也被稱為絲氨酸/蘇氨酸-蛋白激酶6，是與細(xì)胞增殖和癌癥發(fā)展的調(diào)控相關(guān)的Aurora激酶家族的一個(gè)成員。HDM-1內(nèi)酰胺酶是是耐藥細(xì)菌針對(duì)內(nèi)酰胺類抗生素分泌的一類酶，使β-內(nèi)酰胺環(huán)裂解而被破壞，失去抗菌活性。
　　本文利用具有660萬(wàn)分子的類藥分子