CyPJ蛋白晶體結(jié)構(gòu)解析及其抑制劑的篩選和鑒定.pdf

1、Cyclophilins是一類進(jìn)化中高度保守廣泛存在的蛋白，這一家族的蛋白都具有肽酰脯氨酰順反異構(gòu)酶活性，這種活性通常被CsA抑制。本文對cyclophilins家族的新成員CyPJ的晶體結(jié)構(gòu)和CyPJ蛋白抑制劑的篩選、鑒定及其生物學(xué)活性進(jìn)行了研究。 1、利用CyPA的結(jié)構(gòu)作為研究模型，通過分子置換法在2.6A分辨率確定了CyPJ的三維結(jié)構(gòu)。CyPJ分子含有4個(gè)螺旋和一個(gè)由8個(gè)反平行β鏈形成的β圓桶。CyPJ的二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)

2、類似于CyPA的二、三級結(jié)構(gòu)，但CyPJ含有一個(gè)額外的二硫鍵和4個(gè)片段的構(gòu)造明顯地不同于CyPA。根據(jù)于CyPA進(jìn)行序列比對，確定CyPJ的活性位點(diǎn)為His43和Gln52，在CyPJ結(jié)構(gòu)中靠近His43和Gln52處有一個(gè)保守的水分子Wat226。 2、論文的第三章，介紹了針對CyPJ的虛擬篩選工作。在此工作中，首先采用了藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫搜尋以產(chǎn)生一個(gè)較小的分子數(shù)據(jù)庫，然后再采用分子對接方法對產(chǎn)生的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行搜尋，然后利用BIAC

3、ORE分子相互作用分析儀進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果表明在篩選出的CyPJ蛋白的63個(gè)侯選小分子化合物中有18個(gè)分子顯示了與CyPJ具有較好的結(jié)合作用。 3、采用α-胰凝乳蛋白酶活性測定法檢測CyPJ活性及CyPJ與小分子化合物相互作用后的活性。結(jié)果表明：(1)CyPJ具有脯氨酸異構(gòu)酶活性，并且其活性可被CsA和ZXM-A-1所抑制，IC50分別為4.929±0.254μM和155.692±41.599μM；(2)通過計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)和BIAC

4、ORE分子相互作用儀驗(yàn)證后篩選到的CyPJ的小分子化合物對CyPJ活性的抑制作用不同，它們的IC50值從5.815～21.324μM不等；(3)通過PPlase活性檢測后，可以證明通過計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)和BIACORE分子相互作用儀驗(yàn)證后篩選到的部分小分子化合物對CyPJ活性沒有抑制作用，如化合物ZXM-J-3，ZXM-J-10，ZXM-J-14，ZXM-J-15，ZXM-J-17，ZXM-J-18。 4、實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明在體外Z×M-