基于本地化的日本血吸蟲序列分析平臺(tái)的構(gòu)建及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子的篩選.pdf

1、日本血吸蟲病仍然是我國(guó)重點(diǎn)防治的傳染病之一，日本血吸蟲基因組計(jì)劃對(duì)于疫苗研制、新藥物開發(fā)以及揭示血吸蟲與宿主相互作用的分子機(jī)制均具有重要的意義。自1994年WHO正式啟動(dòng)血吸蟲基因組計(jì)劃以來，人們?cè)赾DNA文庫(kù)、EST、序列分析、基因差異表達(dá)的研究、基因組文庫(kù)和基因組圖譜、血吸蟲數(shù)據(jù)庫(kù)管理等多方面取得了重要進(jìn)展。最近，我國(guó)在日本血吸蟲功能基因組和蛋白質(zhì)組的工作取得了階段性重大成果，2006年5月17日，上海市生命科學(xué)與生物技術(shù)數(shù)據(jù)中心向

2、全世界公布了由我國(guó)自主測(cè)序的日本血吸蟲基因組工作框架圖，共計(jì)300多萬條的DNA序列。目前關(guān)于龐大血吸蟲數(shù)據(jù)庫(kù)已創(chuàng)建并已公開發(fā)布，因此，從中快速挖掘有用信息，應(yīng)用于血吸蟲病的免疫診斷、疫苗研發(fā)和新藥靶點(diǎn)篩選等已成為可能。為此，本課題組在前期工作基礎(chǔ)上，開展了本項(xiàng)研究工作，為充分利用寶貴的血吸蟲基因組數(shù)據(jù)資源提有用的技術(shù)手段。 [目的]：構(gòu)建本地化的基本生物信息學(xué)序列分析平臺(tái)，并在此基礎(chǔ)上，建立同本血吸蟲序列相關(guān)分析系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)大規(guī)

3、模、自動(dòng)化地對(duì)龐大日本血吸蟲相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，并運(yùn)用同源比對(duì)的思想，篩選日本血吸蟲信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子，為日本血吸蟲與宿主相互作用的相關(guān)信號(hào)分子的識(shí)別和鑒定提供生物信息學(xué)上的指導(dǎo)。 [方法]：基于工作站和Linux操作系統(tǒng)，利用公開的日本血吸蟲或相關(guān)資源，收集有關(guān)生物信息學(xué)序列分析工具，并自行編寫相關(guān)程序，采用軟件包裝復(fù)用技術(shù)實(shí)現(xiàn)多種資源的有機(jī)整合，用以完成特定的任務(wù)，同時(shí)對(duì)中間的生成的一些結(jié)果建立數(shù)據(jù)庫(kù)，便于對(duì)結(jié)果進(jìn)行檢索。另外，通過

4、與人類，小鼠，大鼠信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子進(jìn)行相似性的檢索，初步篩選日本血吸蟲信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子。 [結(jié)果]：構(gòu)建了本地化的基本生物信息學(xué)序列分析平臺(tái)，在此基礎(chǔ)上搭建了日本血吸蟲自動(dòng)序列分析系統(tǒng)，包括日本血吸蟲EST序列的電子延伸系統(tǒng)、基于日本血吸蟲EST數(shù)據(jù)庫(kù)的同源全長(zhǎng)cDNA序列檢索系統(tǒng)，序列自動(dòng)注釋系統(tǒng)及GO分類系統(tǒng)。在此過程中建立了日本血吸蟲EST的載體污染數(shù)據(jù)庫(kù)，重復(fù)序列屏蔽數(shù)據(jù)庫(kù)等。通過對(duì)日本血吸蟲信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子的篩選，共得到了3653