EGFR及KRAS基因突變臨床檢測(cè)方法學(xué)比較及其影響因素分析.pdf

1、第一章:EGFR基因突變檢測(cè)方法學(xué)比較及其影響因素分析
　　[目的]比較臨床常用的兩種方法檢測(cè)晚期非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lungcancer，NSCLC)表皮生長(zhǎng)因子受體(epidermal growth factor receptor，EGFR)基因突變狀態(tài)結(jié)果的差異，探討福爾馬林固定石蠟包埋(formalin fixed paraffinembedded，F(xiàn)FPE)組織切片標(biāo)本的不同保存方式對(duì)DNA數(shù)量、

2、質(zhì)量及對(duì)檢測(cè)結(jié)果的影響。
　　[方法]收集中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院2010年11月至2011年8月晚期NSCLCFFPE組織切片標(biāo)本150份，分別采用楔形探針擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)（Scorpionsamplification refractory mutation system，ARMS）和直接測(cè)序法檢測(cè)EGFR第18、19、20、21號(hào)外顯子突變狀態(tài)，分析兩種方法檢測(cè)EGFR基因突變結(jié)果的差異，對(duì)結(jié)果不一致病例收集臨床治療情況及生存數(shù)

3、據(jù)并進(jìn)行分析。對(duì)其中30份FFPE標(biāo)本提取DNA并保存于-20℃3年，同樣的30份FFPE標(biāo)本按常規(guī)方法保存3年后再提取DNA，比較兩種保存方式對(duì)DNA的數(shù)量、質(zhì)量及對(duì)檢測(cè)結(jié)果的影響。
　　[結(jié)果]Scorpions ARMS法檢測(cè)EGFR基因突變的成功率(100％)高于直接測(cè)序法(87.3％)，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（x2=20.28，P＜0.05）。兩種方法檢測(cè)EGFR基因突變的一致率為87.0％，一致性較好（Kappa=0.738

4、，P＜0.001）。直接測(cè)序法共檢測(cè)到7種ARMS試劑盒未包含的突變類型，其中19號(hào)外顯子E746_S747＞IP突變及20號(hào)外顯子H773同義突變?yōu)樾掳l(fā)現(xiàn)的突變類型。分析結(jié)果不一致病例中5例接受靶向藥物治療后患者的生存情況，與ARMS檢測(cè)結(jié)果一致性相對(duì)較好。新鮮FFPE標(biāo)本提取并貯存于-20℃3年的DNA與FFPE標(biāo)本按常規(guī)方法保存3年后提取的DNA相比，后者質(zhì)量相對(duì)較差，片段化程度更嚴(yán)重，但兩種保存方法獲取的DNA的EGFR基因突變

5、檢測(cè)結(jié)果均一致。
　　[結(jié)論]ARMS法對(duì)EGFR基因突變的檢測(cè)成功率較高且靈敏度較好。直接測(cè)序法可以檢測(cè)到EGFR基因的少見(jiàn)突變類型。FFPE標(biāo)本提取DNA后低溫貯存，更有利于DNA完整性的保存。
　　第二章:直接測(cè)序法與熒光PCR法檢測(cè)結(jié)直腸癌患者KRAS基因突變的對(duì)比分析
　　[目的]比較直接測(cè)序法和熒光定量PCR法檢測(cè)結(jié)直腸癌KRAS基因突變狀態(tài)結(jié)果的差異，探討KRAS基因突變與結(jié)直腸癌患者臨床病理特征的相關(guān)性

6、。
　　[方法]收集中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院2010年8月至2011年12月結(jié)直腸FFPE組織切片標(biāo)本200份，分別采用直接測(cè)序法和熒光PCR法檢測(cè)KRAS基因外顯子2中第12和13號(hào)密碼子最常見(jiàn)的7種突變類型，將兩種方法檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行對(duì)比分析，對(duì)結(jié)果不一致病例采用蝎形探針擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)法（Scorpions amplificationrefractory mutation system，ARMS）進(jìn)行驗(yàn)證。同時(shí)，收集患者臨床資料，

7、分析KRAS基因突變與結(jié)直腸癌患者臨床病理特征的相關(guān)性。
　　[結(jié)果]兩種方法檢測(cè)KRAS基因突變的總一致率為93.5％(187/200)，一致性較好（Kappa=0.853，P＜0.05）。當(dāng)Ct值小于26、介于28/29～31之間、大于31時(shí)，熒光PCR法與直接測(cè)序法一致率較高，分別為96.8％、100％、100％。當(dāng)Ct值介于26～28/29之間時(shí)，熒光PCR法與直接測(cè)序法一致率較低，為0.0％。KRAS基因突變與腫瘤的T分