SELDI-TOF-MS聯(lián)合蛋白質組學實驗數(shù)據(jù)庫對結直腸癌血清標志物的研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、研究背景與目的: 目前,結直腸癌已上升為我國腫瘤發(fā)病率的第三位,約有1/3的患者治療時已屬晚期?,F(xiàn)有的臨床指標由于敏感性和特異性低,往往達不到早發(fā)現(xiàn)、早診斷的要求.SELDI(surface-enhanced laser desorlation/ionization,SELDI)技術是近幾年發(fā)展起來的一種蛋白質組學檢測技術.具有快速、靈敏、高通量、可以對復雜的生物學樣本直接檢測等特點.目前采用SELDI技術篩選血清標志分子已廣泛

2、應用于多種腫瘤并篩選出了一些與腫瘤診斷、預后評判和病程檢測等有重要臨床價值的血清標志分子.我們實驗室已經(jīng)應用SELDI技術完成了對多種常見惡性腫瘤的診斷模型的建立,通過模型可以很好的對疾病進行診斷。目前制約SELDI技術應用發(fā)展重要瓶頸在于其最終結果僅為質核比,相同的質荷比可能包含多種蛋白組分,一種蛋白質可能存在于不同質荷比的蛋白峰中。發(fā)現(xiàn)差異蛋白后仍需要通過二維電泳,串聯(lián)質譜等技術對蛋白質進行分離鑒定。而這些工作目前在技術上還不能與S

3、ELDI技術很好銜接。匹茲堡大學生物醫(yī)學信息系根據(jù)近年來基于MALDI和SELDI平臺的蛋白質組學研究結果建立了蛋白質組學實驗數(shù)據(jù)庫。基于相同芯片進行的研究存在很高的可重復性,使我們可以根據(jù)質核比檢索可能的蛋白質,成為SELDI技術的有益補充,為血清標志物的研究提供了新的研究思路和方法。本研究的目的在于在將seldi技術與蛋白質組實驗數(shù)據(jù)庫結合,著重于探討單個蛋白質作為結直腸癌血清標志物的可能及診斷意義。 方法: 采用美

4、國Ciphergen公司的IMAC30芯片和表面增強激光解析電離飛行時間質譜儀,檢測169例結直腸癌和83例正常人的血清蛋白質譜。將獲得的蛋白質譜采用Ciphergen公司的Biomarker Wizard和Biomarker Pattern軟件分析。尋找差異蛋白峰,根據(jù)其質荷比(m/z),應用匹茲堡大學的SELDI數(shù)據(jù)庫檢索,檢索界面網(wǎng)址http://www.dbmi.pitt.edu/EPO-KB/Query.jsp檢索條件為SEL

5、DI平臺,IMAC30芯片,血清標本,誤差范圍m/z0.5%。根據(jù)檢索結果得到候選蛋白質。對實驗血清樣本通過免疫學方法驗證候選蛋白質。 結果: 對169例結直腸癌患者和83例正常人血清蛋白進行分析,在質荷比2000~20000Da范圍內(nèi)有34個質荷比位點處的波峰強度有統(tǒng)計學意義(P<0.01),通過Biomarker Pattern軟件進行分析,質核比為7778Da蛋白峰強度在結直腸癌病人血清中明顯高于正常人,單用該質和

6、比蛋白峰強度進行診斷,則其對結直腸癌診斷靈敏度為69.2%,特異度為77.1%。數(shù)據(jù)庫檢索結果提示該質和比蛋白為血小板因子4(PF4)。采用了ELISA方法對上述部分血清樣本中PF4表達水平進行了測定,仍表現(xiàn)為結直腸癌組中高表達,對結直腸癌的診斷靈敏度為61.1%,特異度為76.9%。與SELDI質譜分析結果相似。 結論: PF4在結直腸癌患者中明顯升高,其可能成為結直腸癌診斷的一個標志分子.SELDI-TOF-MS聯(lián)

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