基于個體化治療的肺癌分子分型相關(guān)基因芯片的初步研究.pdf

1、目的：本項研究擬通過采用寡核苷酸芯片技術(shù)，初步篩選與肺癌分子分型相關(guān)基因，并對肺癌的基因分型診斷及肺鱗癌、肺腺癌內(nèi)亞型的存在進行有益的探討，為分子分型研究、實現(xiàn)個體化治療提供一定參考依據(jù)。 方法：(1)根據(jù)文獻報道及既往實驗結(jié)果，共篩選了與肺癌分型、分期、診斷相關(guān)的基因332個，從GeneBank中查出相應(yīng)的基因序列，用NCBI提供的BLAST系統(tǒng)分析確定其特異性序列，利用生物學(xué)軟件進行探針設(shè)計，探針長度為60bp。隨后將寡核苷

2、酸探針點樣到經(jīng)氨基化處理的載玻片上，分成4個區(qū)，每個區(qū)為18×17矩陣； (2)分別提取95D細胞、7例肺腺癌組織、8例肺鱗癌組織的總RNA，以總RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，制作成有熒光標(biāo)記的探針； (3)上述制備的雜交熒光探針與芯片進行雜交，獲得雜交結(jié)果；用 ScanarrayLite激光共聚焦掃描儀掃描芯片。所得圖象由Geneoix 5.1分析軟件，分析cy3和cy5兩種熒光信號的強度和比值，Cy5/Cy3相差兩倍以上，

3、Ratio(比率)值大于2.0或小于0.5基因有差異表達。并采用聚類方法分別對肺鱗癌和肺腺癌的基因表達譜進行相關(guān)性分析。 結(jié)果：(1)芯片雜交技術(shù)的可靠性：在芯片上共有332個oligo，分布在4個區(qū)域，為保證芯片雜交結(jié)果的可靠性，在每塊區(qū)域設(shè)有陰性對照5個基因，經(jīng)芯片雜交，這些雜交信號均很低，證實了數(shù)據(jù)的可靠性； (2)芯片可重復(fù)性：在基因連續(xù)橫向點3個點的情況下，CV(變異系數(shù))為10％；不同批次95D細胞與芯片雜交

4、之間的重復(fù)性為98.2％，說明Oligo芯片不僅雜交成功，而且具有較好的重復(fù)性； (3)7例肺腺癌組織的共有差異基因29個，與鱗癌組相區(qū)別的有7個如DCTN2、Stst2、BRCA2、TGFD等；8例肺鱗癌組織的共有差異基因46個，與腺癌組相區(qū)別的有24個，如KRT6A、HMGB2、lumican等； (4)7例腺癌組織中對332個基因表達的一致性在52-92％之間，8例腺癌組織中對332個基因表達的一致性在55-97％

5、之間； (5)1例鱗癌組織和其癌旁組織雜交，表達上調(diào)的基因有4條，表達下調(diào)的基因156條。1例腺癌組織和其癌旁組織雜交，表達上調(diào)的基因有23條，表達下調(diào)的基因147條。 結(jié)論：(1)基因芯片技術(shù)能夠快速高通量的篩選出與肺癌分子分型可能相關(guān)的基因； (2)初步篩選出肺腺癌特征性表達基因如DCTN2、Stst2、CENPM等，肺磷癌特征性表達基因如CCT6A、HMGB2、EEFlAl等，對肺癌組織進行分子分型，提供一

6、定線索，為臨床診斷提供更多信息； (3)肺腺癌組織和肺鱗癌組織對Bax、Myb、EGRl等22個基因都表達，存在有共同基因表達譜，說明兩種類型的腫瘤細胞間有相似的分子生物學(xué)行為； (4)在7例肺腺癌組織之間、8例肺鱗癌組織之間，也仍然存在表達差異較大的基因，可能預(yù)示肺腺癌、肺鱗癌內(nèi)存在不同的亞型； (5)通過對同一患者的癌組織和癌旁組織之間基因表達差異的研究，使我們得到了肺癌相關(guān)作用基因的線索，為肺癌的臨床分子診