利用基因表達譜芯片技術研究人膀胱癌相關基因.pdf

1、AmpcDNAcpmDEPCdNTPsDTTEBEDTAEMBLGCGHTHscanmRNA0RFPCRSDSDSTris英文縮寫詞表ampicillincomplementaryDNAcountperminutediethylpyrocarbonatedATPdCTPdGTPdTTPdithiothreitolethidiumbromideethylendiaminetetraaceticacidEuropeanMolecularBi

2、ologyLaboratorygeneticcomputergrouphelixturnhelixscanmessengerRNAopenreadingframepolymerasechainreactionshine。dalgarnosequencesodiumdodecylsulfate2amino一2一hydroxymethyl1，3一propanediol戰(zhàn)。全長eDNA的克隆和測序將直接導致基因的發(fā)現，并有助于基因功能的研究。

3、富含全長cDNA的高質量eDNA文庫的構建對于全長cDNA克隆至關重要。從本實驗室構建的高質量cDNA文庫中，通過高效差減雜交及大規(guī)模cDNA測序，篩選到一批全長新基因，部分新基因已登錄到GenBank。將從cDNA文庫中克隆到的部分新基因和已知功能基因制備成基因芯片，運用基因芯片對正常人膀胱粘膜和膀胱移行上皮細胞癌(transitionalcellcarcinomaTCC，以下簡稱為膀胱癌)組織以及膀胱癌細胞株EJ的基因表達差異進行了

4、研究。將人正常膀胱組織mRNA和膀胱癌mRNA逆轉錄熒光標記合成cDNA熒光探針后，同時與基因芯片雜交，并重復兩次。每次結果均通過掃描，定量，采用掃描成像計算機系統進行分析，計算熒光信號的差異程度，篩選出共同的差異表達基因。按陽性標準，從12800個基因中篩選出差異表達基因854條(7％)，膀胱癌組織中198條表達上調，656條表達下調；如果按差異顯著的標準，則共篩選出差異顯著基因384條，占30％，其中膀胱癌組織中87條表達增加，29

5、7條表達降低。有259條(674％)基因已在GenBank登錄。這些在不同病例的組織標本中表達變化一致的基因主要涉及細胞增殖、凋亡、細胞周期等多個過程，其中表達增加的基因包括：(1)與信號傳遞有關基因(如酪氨酸激酶相關基因、G蛋白類、胞內激酶、第二信使相關基因等)，(2)細胞周期相關基因(細胞周期素等)，(3)腫瘤轉移相關基因(如整合素、基質金屬蛋白酶等)，(4)凋亡抑制基因，(5)DNA結合蛋白、轉錄起始因子等，(6)線粒體相關蛋白。

6、表達降低的基因包括：(1)凋亡相關基因，(2)信號傳遞基因(如酪氨酸磷酸酶等)，(3)粘附分子相關基因(如纖粘連蛋白、層粘連蛋白等)，(4)TGF13相關基因，(5)抑癌基因(如Rb等)，(6)細胞骨架蛋白、鋅指蛋白等。除上述已知基因外，實驗還檢測到與膀胱癌相關的許多未知基因，本實驗中125條基因(326％)未在GenBank登錄。對基因芯片雜交結果的分析表明：正常移行上皮細胞的惡變與信號傳導通路異常激活密切相關，在多種信號傳導的多個環(huán)