利用基因表達(dá)譜芯片技術(shù)研究人膀胱癌相關(guān)基因.pdf

1、AmpcDNAcpmDEPCdNTPsDTTEBEDTAEMBLGCGHTHscanmRNA0RFPCRSDSDSTris英文縮寫詞表ampicillincomplementaryDNAcountperminutediethylpyrocarbonatedATPdCTPdGTPdTTPdithiothreitolethidiumbromideethylendiaminetetraaceticacidEuropeanMolecularBi

2、ologyLaboratorygeneticcomputergrouphelixturnhelixscanmessengerRNAopenreadingframepolymerasechainreactionshine。dalgarnosequencesodiumdodecylsulfate2amino一2一hydroxymethyl1，3一propanediol戰(zhàn)。全長(zhǎng)eDNA的克隆和測(cè)序?qū)⒅苯訉?dǎo)致基因的發(fā)現(xiàn)，并有助于基因功能的研究。

3、富含全長(zhǎng)cDNA的高質(zhì)量eDNA文庫(kù)的構(gòu)建對(duì)于全長(zhǎng)cDNA克隆至關(guān)重要。從本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的高質(zhì)量cDNA文庫(kù)中，通過(guò)高效差減雜交及大規(guī)模cDNA測(cè)序，篩選到一批全長(zhǎng)新基因，部分新基因已登錄到GenBank。將從cDNA文庫(kù)中克隆到的部分新基因和已知功能基因制備成基因芯片，運(yùn)用基因芯片對(duì)正常人膀胱粘膜和膀胱移行上皮細(xì)胞癌(transitionalcellcarcinomaTCC，以下簡(jiǎn)稱為膀胱癌)組織以及膀胱癌細(xì)胞株EJ的基因表達(dá)差異進(jìn)行了

4、研究。將人正常膀胱組織mRNA和膀胱癌mRNA逆轉(zhuǎn)錄熒光標(biāo)記合成cDNA熒光探針后，同時(shí)與基因芯片雜交，并重復(fù)兩次。每次結(jié)果均通過(guò)掃描，定量，采用掃描成像計(jì)算機(jī)系統(tǒng)進(jìn)行分析，計(jì)算熒光信號(hào)的差異程度，篩選出共同的差異表達(dá)基因。按陽(yáng)性標(biāo)準(zhǔn)，從12800個(gè)基因中篩選出差異表達(dá)基因854條(7％)，膀胱癌組織中198條表達(dá)上調(diào)，656條表達(dá)下調(diào)；如果按差異顯著的標(biāo)準(zhǔn)，則共篩選出差異顯著基因384條，占30％，其中膀胱癌組織中87條表達(dá)增加，29

5、7條表達(dá)降低。有259條(674％)基因已在GenBank登錄。這些在不同病例的組織標(biāo)本中表達(dá)變化一致的基因主要涉及細(xì)胞增殖、凋亡、細(xì)胞周期等多個(gè)過(guò)程，其中表達(dá)增加的基因包括：(1)與信號(hào)傳遞有關(guān)基因(如酪氨酸激酶相關(guān)基因、G蛋白類、胞內(nèi)激酶、第二信使相關(guān)基因等)，(2)細(xì)胞周期相關(guān)基因(細(xì)胞周期素等)，(3)腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)基因(如整合素、基質(zhì)金屬蛋白酶等)，(4)凋亡抑制基因，(5)DNA結(jié)合蛋白、轉(zhuǎn)錄起始因子等，(6)線粒體相關(guān)蛋白。

6、表達(dá)降低的基因包括：(1)凋亡相關(guān)基因，(2)信號(hào)傳遞基因(如酪氨酸磷酸酶等)，(3)粘附分子相關(guān)基因(如纖粘連蛋白、層粘連蛋白等)，(4)TGF13相關(guān)基因，(5)抑癌基因(如Rb等)，(6)細(xì)胞骨架蛋白、鋅指蛋白等。除上述已知基因外，實(shí)驗(yàn)還檢測(cè)到與膀胱癌相關(guān)的許多未知基因，本實(shí)驗(yàn)中125條基因(326％)未在GenBank登錄。對(duì)基因芯片雜交結(jié)果的分析表明：正常移行上皮細(xì)胞的惡變與信號(hào)傳導(dǎo)通路異常激活密切相關(guān)，在多種信號(hào)傳導(dǎo)的多個(gè)環(huán)