髓母細(xì)胞瘤差異表達(dá)microRNA的篩選及功能預(yù)測.pdf

1、目的：miRNAs是一類高度保守的非編碼RNA，通過抑制翻譯，控制mRNA剪切，促進(jìn)mRNA降解等手段調(diào)控成百個靶基因，在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中都扮演著重要角色。有關(guān)miRNA和腦腫瘤關(guān)系的研究也越來越多，本課題旨在尋找髓母細(xì)胞瘤中差異表達(dá)顯著的microRNAs(miRNAs)，利用生物信息學(xué)手段探求其生物學(xué)功能，為探明miRNAs調(diào)控髓母細(xì)胞瘤發(fā)生機(jī)制及今后研究提供理論指導(dǎo)和實驗依據(jù)。
　　 方法：收集髓母細(xì)胞瘤癌組織和癌旁組織標(biāo)

2、本，采用Exiqon公司的miRNA芯片miRCURYTM LNA Array(v13.0)獲得差異表達(dá)的miRNAs，對其中差異顯著的且未見文獻(xiàn)報道的目的miRNA進(jìn)行定量PCR驗證。利用TargetScanHuman在線軟件預(yù)測該miRNA的潛在靶基因，然后運(yùn)用GO Tree Machine軟件對其靶基因列表進(jìn)行GO注釋聚類以得到這些基因富集的功能范疇，再利用DAVID在線平臺預(yù)測出靶基因所富集的生物學(xué)通路。
　　 結(jié)果：芯

3、片篩查出在髓母細(xì)胞瘤中比對照組上調(diào)2倍以上的miRNAs有21個，下調(diào)2倍以上的有127個。其中miR-130a經(jīng)實時定量PCR驗證，與芯片結(jié)果一致，呈現(xiàn)明顯下調(diào)。TargetScanHuman5.1預(yù)測了miR-130a的潛在靶基因，得到265個靶基因。采用GO Tree Machine分析靶基因所富集的GO條目，在biologicalprocess范疇內(nèi)，有36個靶基因與神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育有關(guān)。由DAVID預(yù)測的靶基因富集明顯的通路有7條

4、，由DAVID預(yù)測出靶基因富集明顯的通路，其中，MAPK信號通路，TGF-β信號通路，粘著連接通路，Wnt通路都包含在腫瘤通路條目下，表明miR-130a調(diào)控的候選靶基因與癌癥的生物學(xué)過程緊密相關(guān)。值得注意的是，已被實驗證明在髓母細(xì)胞瘤中發(fā)揮重要作用的Ras/MAPK通路也包含其中，并且該通路中的關(guān)鍵基因PDGFRA是miR-130a的靶基因。
　　 結(jié)論：髓母細(xì)胞瘤miRNAs表達(dá)譜結(jié)果表明多個miRNAs表達(dá)發(fā)生明顯改變，且