中國六個牛品種CCK,PP基因SNPs檢測及其與生長性狀相關(guān)分析.pdf

1、本實驗分別以郟縣紅牛、南陽牛、秦川牛、魯西牛、草原紅牛和中國荷斯坦奶牛6個群體共1390份血樣為實驗材料，并提取基因組DNA作為后續(xù)試驗中PCR的模板。
　　 主要運用DNA池測序，PCR-SSCP技術(shù)以及PCR-RFLP，F(xiàn)orced PCR-RFLP相結(jié)合的方法，對牛CCK基因和PP基因進行了遺傳變異的檢測，對二基因的群體遺傳結(jié)構(gòu)以及遺傳多樣性進行了分析，并分別分析了CCK和PP基因不同基因位點在郟縣紅牛、南陽牛和秦川牛3個

2、群體的多態(tài)性與其生長性狀的關(guān)聯(lián)性。從而檢驗二基因的多態(tài)位點對所研究的牛群體生長發(fā)育的遺傳效應(yīng)。希望能檢測出對經(jīng)濟性狀具有顯著效應(yīng)的遺傳標記，為我國地方牛的高效選育和分子標記提供理論依據(jù)。本研究獲得了以下主要結(jié)果：
　　 1.六個牛品種CCK基因SNPs的篩選與多態(tài)性分析
　　 本實驗主要是在基因組水平上篩選CCK基因的突變情況，篩選工作在中國六個牛品種中進行，共篩選出5個突變。檢出5處SNP分別在5’端，第一外顯子，內(nèi)含

3、子，3’端。在檢測到5個SNPs（NW_001494083：617G>A、1224T>C、1275G>C、5200T>C和5341C>T）中只有1224T>C、1275G>C位于編碼區(qū)，并且1275G>C是一個錯義突變，該突變導(dǎo)致該基因序列上一個內(nèi)切酶PVUⅡ切割位點的消失。5200T>C位于CCK基因的內(nèi)含子區(qū)，且該處變異導(dǎo)致了一個新的XspⅠ酶切位點的產(chǎn)生。5341位C>T的突變導(dǎo)致了EcoRⅡ酶切位點的消失。Forced PCR-

4、RFLP的方法分別對617位G>A和1224位T>C進行檢測。在檢測到的SNP不同基因型位點僅有部分群體處于Hardy-Weinberg不平衡的狀態(tài)，絕大部分群體處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。在第一外顯子上的兩個連鎖突變的多態(tài)信息含量在南陽牛和魯西牛處于中度多態(tài)（0.25

5、同基因型在南陽牛（NY）與魯西牛（LX）品種之間差異不顯著（P>0.05）；秦川牛（QC）與草原紅牛（CY）和荷斯坦奶牛（CH）品種之間差異不顯著（P>0.05）；草原紅牛（CY）與中國荷斯坦奶牛（CH）品種之間的差異是不顯著的（P>0.05）；郟縣紅牛（JX）與中國荷斯坦奶牛（CH）品種之間的差異存在顯著相關(guān)（P<0.05）；其余的品種兩兩之間均存在極顯著差異（P<0.01）。5’端突變的Forced PCR-RFLP分析結(jié)果顯示：郟

6、縣紅牛和南陽牛均與秦川牛，草原紅牛，中國荷斯坦奶牛之間存在著極顯著的差異（P<0.01）；魯西牛與中國荷斯坦奶牛之間也存在極顯著的差異（P<0.01）；草原紅牛與魯西牛之間也存在顯著差異（0.010.05）。內(nèi)含子的分析結(jié)果為郟縣紅牛和南陽牛均與其他四個牛品種之間均存在極顯著的差異（P<0.01）；且郟縣紅牛與南陽牛，魯西牛之間也存在著顯著的差異（0.01

7、間差異不顯著。3’端突變PCR-RFLP分析結(jié)果顯示出：南陽牛與秦川牛，草原紅牛，中國荷斯坦奶牛之間存在差異極顯著（P<0.01）；秦川牛與郟縣紅牛，魯西牛之間也存在著極顯著的差異（P<0.01）；郟縣紅牛和魯西牛均與草原紅牛，中國荷斯坦奶牛之間存在著顯著差異（0.01　　 2.CCK基因的多態(tài)性與三個主

8、要牛品種的生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析
　　 CCK基因中二連鎖突變形成的不同基因型與生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示：在南陽牛群體中，12月齡時，AB基因型個體與AA基因型個體在體重上存在著顯著的差異（P<0.05）；然而BB基因型個體與AA基因型個體在胸圍方面存在著極顯著的差異（P<0.01）。18月齡時，AB和BB基因型個體在體重，體長，平均日增重和胸圍性狀上與AA基因型均存在極顯著的差異（P<0.01）；BB基因型個體與AB基因型個體在

9、體重和平均日增重上存在極顯著的差異（P<0.01）。24月齡時，AB和BB基因型在體重，胸圍和體長上與AA基因型存在極顯著的差異（P<0.01）。其余各項指標沒有顯著的關(guān)聯(lián)（P>0.05）。其余三個突變位點的不同基因型與南陽牛的生產(chǎn)性狀均不相關(guān)。
　　 5’端突變位點形成的不同基因型與郟縣紅牛生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示： GA型個體的體高與GG型和AA型均存在顯著差異（P<0.05）；GA型個體與AA型個體在坐骨端寬上存在顯著差

10、異（P<0.05）；GA型與GG和AA型個體在十字部高均有顯著差異；AA型與GG型也有顯著差異（P<0.05）；GA與GG在薦高上也存在顯著差異（P<0.05）；其余基因型之間不存在顯著差異。其余突變與郟縣紅牛的生產(chǎn)性狀均不相關(guān)。
　　 在秦川牛群體中該位點的分析結(jié)果顯示：二連鎖突變形成的AB基因型與AA，BB基因型在腰角寬存在顯著差異，BB基因型與AB，AA也存在顯著差異（P<0.05）；AA基因型的尻長和體重與AB和BB型有