生物活性分子的結(jié)構(gòu)和相互作用的理論研究.pdf

1、全文共分為3個部分：第一部分為利用密度泛函方法研究從天然產(chǎn)物中提取的有效成分——白藜蘆醇、柚皮素和洋芹素的結(jié)構(gòu)特征，并用以解釋其生物活性；第二部分同樣利用密度泛函方法研究尿嘧啶和茶堿分子識別膜的作用機(jī)理；第三部分利用分子力學(xué)方法研究表皮生長因子受體與其小分子抑制劑之間的相互作用以及α糖苷酶與糖苷酶抑制劑——氨基糖之間的相互作用模式。第一部分：首先在HF/3-21G水平上搜索順式和反式白藜蘆醇的構(gòu)象空間，確定分子的最穩(wěn)定構(gòu)象之后，在DFT

2、/B3LYP/6-31+G(d，p)水平上分別計算順式和反式白藜蘆醇上3個不同羥基形成自由基后的結(jié)構(gòu)，從分子軌道，離解能，自由基的單電子分布、總自旋分布幾個方面確定最有可能的反應(yīng)中心，最后，解釋化合物中的C=C對生物活性的影響。第二部分：首先在DFT/B3LYP/6-31G(d)水平上對膜材料分子丙腈和甲基丙酸進(jìn)行構(gòu)象搜索，然后分別根據(jù)設(shè)想出的尿嘧啶和茶堿分子與膜材料的作用模型，用各個分子的穩(wěn)定構(gòu)象建模，并將所有模型在DFT/B3LYP

3、/6-31+G(d，p)水平上進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率分析，并計算出經(jīng)過零點(diǎn)能和基函數(shù)重疊誤差校正的結(jié)合能。通過分別比較尿嘧啶與茶堿分子單體與復(fù)合物中的分子幾何構(gòu)型，振動光譜的變化，綜合光譜比對和結(jié)合能大小兩方面，得出分子與膜相互作用的可能機(jī)理。第三部分：首先選取15種對表皮生長因子受體酪氨酸激酶有抑制活性的化合物，選擇不同的方法對小分子進(jìn)行構(gòu)象分析，將所選取的這組分子的構(gòu)象組合，利用Cerius2軟件中的Ligandfit模塊進(jìn)行分子對接，