KCNQ1OT1基因多態(tài)性與肝細(xì)胞肝癌易感性關(guān)聯(lián)研究及初步功能分析.pdf

1、目的：研究KCNQ1OT1(KCNQ1 overlapping transcript1)基因編碼區(qū)的一個(gè)四核苷酸重復(fù)序列多態(tài)(rs35622507)與中國(guó)人群肝細(xì)胞肝癌(HCC)易感性的關(guān)聯(lián),并利用基因型-表型關(guān)聯(lián)研究及生物信息學(xué)方法探討多態(tài)參與肝細(xì)胞肝癌發(fā)生的功能及意義。
　　方法：⑴運(yùn)用生物信息學(xué)工具篩選出KCNQ1OT1基因編碼區(qū)的多態(tài),并從中選取一個(gè)具有潛在功能的短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)多態(tài)基因座(rs35622507)作

2、為候選多態(tài);⑵采用病例對(duì)照研究方法(510HCC病例和1014正常對(duì)照),PCR擴(kuò)增結(jié)合非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳技術(shù)對(duì)候選多態(tài)進(jìn)行基因分型,Logistic回歸統(tǒng)計(jì)分析基因多態(tài)基因座與HCC的關(guān)聯(lián)性;⑶運(yùn)用Realtime PCR研究四種肝癌細(xì)胞系(HepG2,Hep3B, SK-Hep-1,BEL-7704)中rs35622507多態(tài)與KCNQ1OT1以及細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑1C(CDKN1C)表達(dá)量的基因型-表型關(guān)聯(lián);⑷運(yùn)用

3、生物信息學(xué)的方法預(yù)測(cè)rs35622507多態(tài)對(duì)KCNQ1OT1空間構(gòu)象的影響。
　　結(jié)果：①基因分型結(jié)果顯示,位于KCNQ1OT1編碼區(qū)的rs35622507基因座具有較好的多態(tài)性,病例組和對(duì)照組中 rs35622507基因座的等位基因頻率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。②調(diào)整性別、年齡、吸煙、飲酒、HBV感染等主要風(fēng)險(xiǎn)因素后,運(yùn)用Logistic回歸分析的方法對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示:攜帶

4、一個(gè)等位基因10的雜合子或者是不帶等位基因10的基因型個(gè)體相對(duì)于10-10純合子患HCC風(fēng)險(xiǎn)性明顯降低(OR=0.67,95％CI:0.53–0.86;OR=0.38,95％CI:0.21–0.69)。③Real-time RT-PCR結(jié)果顯示,STR基因型與KCNQ1OT1的表達(dá)有基因型表型相關(guān)性,在四個(gè)細(xì)胞系中KCNQ1OT1基因中不帶等位基因10的基因型在細(xì)胞系中的表達(dá)量分別明顯增高20.9和33.3倍。另外在三個(gè)肝癌細(xì)胞系中KC

5、NQ1OT1的表達(dá)量與抑癌基因CDKN1C的表達(dá)量呈負(fù)相關(guān)。④生物信息學(xué)預(yù)測(cè)結(jié)果提示,STR多態(tài)可能通過(guò)不同等位基因改變KCNQ1OT1的空間構(gòu)象從而影響KCNQ1OT1和CDKN1C的表達(dá)進(jìn)而參與HCC的發(fā)生。
　　結(jié)論：⑴中國(guó)人群中rs35622507多態(tài)與肝細(xì)胞肝癌易感性存在顯著關(guān)聯(lián);⑵肝癌細(xì)胞系中rs35622507多態(tài)與KCNQ1OT1以及CDKN1C的表達(dá)量之間存在顯著的基因型-表型關(guān)聯(lián);⑶rs35622507多態(tài)可能