應(yīng)用基因芯片和SAGE文庫分析篩查Barrett食管相關(guān)基因的研究.pdf

1、第一軍醫(yī)大學(xué)碩士學(xué)位論文應(yīng)用基因芯片和SAGE文庫分析篩查Barrett食管相關(guān)基因的研究姓名：陳威震申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：消化病學(xué)指導(dǎo)教師：王雯20060605Y片實驗中mRNA的擴(kuò)增。RNA線性擴(kuò)增是將一個mRNA分子反轉(zhuǎn)錄為一個eDNA分子，再通過RNA多聚酶的催化合成多個aRNA(antisenseRNA)分子。這樣所有mRNA都會以同樣的倍率得到擴(kuò)增，不會改變它們在總RNA中的相對豐度。食管上皮組織較薄且組織松脆易出血，故活

2、檢標(biāo)本抽提所得RNA總量較少，無法滿足芯片實驗的需要。我們使用線性擴(kuò)增技術(shù)對抽提所得的mRNA進(jìn)行了擴(kuò)增。對所得RNA的檢測表明：總RNA的0D260／0D280均在16～20之間；28S與18S電泳條帶清晰，28S條帶約為18S條帶的2倍。說明RNA的純度較高，無明顯降解，完全符合實驗需要?；蛐酒侵腹讨谳d體上的高密度DNA微點陣。具體地說就是將代表靶基因的寡核苷酸片段有序地排列在玻璃等載體上。待檢樣品用熒光分子標(biāo)記后，與基因芯片

3、雜交，通過熒光掃描及計算機(jī)分析即可獲得樣品中大量基因的表達(dá)信息。我們應(yīng)用eDNA基因芯片對2例BE及其對照上皮的基因表達(dá)譜進(jìn)行了研究。將BE標(biāo)記為cy3，將對照上皮標(biāo)記為cy5。一般認(rèn)為ratio值(即cy3／cy5)在0520范圍內(nèi)的基因不存在顯著的表達(dá)差異，而在該范圍之外的基因發(fā)生顯著改變。我們以Ratio值大于2或小于O5作為差異表達(dá)基因的篩選標(biāo)準(zhǔn)。樣本1檢出919個基因上調(diào)，751個基因下調(diào)。樣本2檢出914個基因上調(diào)，878個

4、基因下調(diào)。兩樣本中共同上調(diào)的基因有445個，共同下調(diào)的基因有446個。二、應(yīng)用SAGE技術(shù)篩查BE相關(guān)基因，我們對美國國立生物信息中心(NCBI)SAGEmap數(shù)據(jù)庫中的兩個SAGE文庫進(jìn)行了比較。這兩個文庫分別來自同一BE患者的腸化食管上皮和對照鱗狀上皮，分別有46269和50508個基因表達(dá)標(biāo)簽。設(shè)定差異因子為2倍后向數(shù)據(jù)庫提交查詢，由數(shù)據(jù)庫自動進(jìn)行在線比較后獲得查詢報告。隨后我們以在兩個SAGE文庫中表達(dá)差異為2倍以上的可能性超過