基于多組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析尋找前列腺癌相關(guān)的重要調(diào)控通路.pdf

1、芯片及測序技術(shù)的發(fā)展大大促進了癌癥在分子層次上的研究。多組學(xué)及技術(shù)平臺的聯(lián)合應(yīng)用提供了更多的限制條件，減少了假陽性。本文整合了包括來自測序及芯片平臺的2組表觀遺傳學(xué)數(shù)據(jù)，3組DNA與蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)（ChIP-Seq），10組基因表達數(shù)據(jù)以及4組microRNA表達數(shù)據(jù)共計四類組學(xué)數(shù)據(jù)，對前列腺癌涉及的重要調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行了一個綜合性的整合分析。首先對這四類組學(xué)數(shù)據(jù)在基因和通路層次上的的兩兩配對分析，驗證了不同數(shù)據(jù)集系統(tǒng)水平上的分子特征相

2、似性要高于基因水平的相似性這一假設(shè)。另外對四類組學(xué)數(shù)據(jù)的 KEGG富集通路分析發(fā)現(xiàn)在所有的數(shù)據(jù)集中都存在ECM-receptor interaction及Pathways in cancer通路的富集。對這四類組學(xué)數(shù)據(jù)的GeneGo富集通路分析發(fā)現(xiàn)了130條在四類組學(xué)數(shù)據(jù)中都存在的調(diào)控通路。值得一提的是，KEGG和GeneGo的富集通路中都有與ECM相關(guān)的通路。同時我們還發(fā)現(xiàn)了一些前列腺癌相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)新通路，如TGF, WNT and

3、 cytoskeletal remodeling。
　　在多組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析的前提下，我們還對ChIP-Seq富集位點查找(peak calling)算法軟件做了深入的研究。我們搜集整理了近幾年內(nèi)發(fā)表的50個peak calling算法軟件，并選取當(dāng)前較流行的9個軟件，并搜集了三種類型共10組ChIP-Seq數(shù)據(jù)對它們在查找的富集峰數(shù)，靈敏度，一致性和精確性等方面做了一個評價比較，并且在此基礎(chǔ)上我們把這些評比的peak calli