小麥基因電子表達(dá)分析平臺的構(gòu)建及相對于水稻的小麥特異基因的鑒定.pdf

1、在dbEST數(shù)據(jù)庫中，普通小麥ESTs數(shù)量已超過了一百萬條。這些ESTs來自于各種類型的cDNA文庫，代表在不同組織、處理及生理狀態(tài)下表達(dá)的小麥基因。從這些數(shù)據(jù)中可以發(fā)掘出關(guān)于小麥基因數(shù)目、表達(dá)特征及基因進(jìn)化等許多重要信息。本研究立足于小麥ESTs數(shù)據(jù)挖掘，主要開展了兩個方面的研究，一是小麥基因電子表達(dá)分析平臺的建立，二是相對于水稻的小麥特異基因的鑒定。
　　 一、在小麥基因電子表達(dá)分析平臺構(gòu)建中，我們按cDNA文庫的組織與處理

2、類型對普通小麥ESTs數(shù)據(jù)進(jìn)行分類，構(gòu)成后臺數(shù)據(jù)庫。平臺通過分析基因?qū)?yīng)ESTs所在文庫的信息，利用卡方測驗及貝葉斯方法對基因在不同類型cDNA文庫中ESTs出現(xiàn)頻率進(jìn)行差異顯著性測驗，從而了解此基因的表達(dá)模式。通過對已知表達(dá)模式的基因進(jìn)行測試，發(fā)現(xiàn)本平臺可以用于普通小麥基因的電子表達(dá)研究。
　　 二、普通小麥和水稻同屬于禾本科作物，但是兩者形態(tài)特征及生長條件存在顯著的差異，這與其基因之間的差異直接相關(guān)。本研究通過將普通小麥ES

3、Ts與水稻基因進(jìn)行比對，發(fā)現(xiàn)了3，809個相對于水稻的小麥候選特異基因，其中與小麥蛋白質(zhì)定向、貯存以及防衛(wèi)反應(yīng)相關(guān)的特異基因數(shù)量最多。在功能未知的特異基因中，三類結(jié)構(gòu)域，即鋅指結(jié)構(gòu)域、類細(xì)胞周期素結(jié)構(gòu)域以及NB-ARC結(jié)構(gòu)域出現(xiàn)的頻率最高，說明這些特異基因可能主要與小麥生長發(fā)育以及適應(yīng)能力有關(guān)。對隨機(jī)挑選的81個候選特異基因進(jìn)行了分析，在獲得正確序列的54個基因中，有49個在標(biāo)準(zhǔn)Southern雜交條件下不能與水稻DNA雜交。在半定量R