基于分子網(wǎng)絡(luò)的甲狀腺癌相關(guān)ceRNAs鑒定及藥物預(yù)測.pdf

1、甲狀腺癌是一種最常見的內(nèi)分泌器官惡性腫瘤，占全身惡性腫瘤發(fā)病的1％左右，現(xiàn)已成為女性第五大常見癌癥。而長鏈非編碼RNA(lncRNAs)可作為一種競爭性內(nèi)源RNAs(ceRNAs)，與編碼RNA通過競爭同一個miRNA反應(yīng)元件(MREs)相互影響，在多種腫瘤的基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。因此，構(gòu)建三種RNAs的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)來研究癌癥的發(fā)生機(jī)制已成為一個重要的研究方向。本文基于TCGA數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)量和臨床數(shù)據(jù)，提出了一種網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的流程，并

2、對差異表達(dá)的數(shù)據(jù)進(jìn)行了藥物預(yù)測分析。主要工作如下:
　　1、綜述了甲狀腺癌現(xiàn)有的研究現(xiàn)狀，總結(jié)了lncRNAs的研究進(jìn)展，并對ceRNAs機(jī)制進(jìn)行闡述，為本文后續(xù)研究做好理論基礎(chǔ)。
　　2、提出了一種基于分子網(wǎng)絡(luò)的ceRNA識別流程(MNIceRNA)。該流程首先使用edgeR進(jìn)行差異性RNA分析，然后通過miRcode數(shù)據(jù)庫和WGCNA算法構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，確定正常和腫瘤樣品之間差異表達(dá)RNA中的

3、關(guān)鍵驅(qū)動基因(KDGs)。最后，依托l(wèi)nCeDB數(shù)據(jù)庫推斷所識別關(guān)鍵驅(qū)動基因的ceRNA。結(jié)果推測得到598個lncRNAs、1025個mRNAs和90個miRNAs的差異表達(dá)基因，并將此RNAs映射到網(wǎng)絡(luò)中得到8個關(guān)鍵驅(qū)動miRNA。通過ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)，與hsa-mir-375相關(guān)的ceRNAs有34個，11個ceRNAs的生存周期顯著，其中RUNX2，DUSP6和SEMA3D是已知的調(diào)節(jié)甲狀腺癌細(xì)胞增殖和分化的癌基因。

4、>　　3、提出了一種甲狀腺癌相關(guān)藥物或基因擾動的預(yù)測方法。構(gòu)建正常樣本與患病樣本的兩個WGCNA網(wǎng)絡(luò)，分析得到33778個顯著差異共表達(dá)基因?qū)Γ≒值≤1.0E-20），并基于差異表達(dá)RNAs查詢藥物或基因擾動表達(dá)標(biāo)簽，確定能夠“逆轉(zhuǎn)”患病子網(wǎng)絡(luò)中表達(dá)變化的擾動項。最后，對于排名靠前的藥物或基因，進(jìn)行基于文獻(xiàn)的評估或潛在機(jī)制推斷。結(jié)果共得到1274個優(yōu)先基因和藥物靶標(biāo)基因(P＜0.001)，并結(jié)合關(guān)鍵ceRNAs進(jìn)行藥物預(yù)測，為甲狀腺癌的