DNA修復(fù)基因(XRCC1、OGG1)單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌易感性的關(guān)聯(lián)性研究.pdf

1、研究目的:
　　1.探討人類X-射線交叉互補修復(fù)基因1(XRCC1) c.1471G>A單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌發(fā)病風(fēng)險的相關(guān)性。
　　2.研究人類X-射線交叉互補修復(fù)基因1(XRCC1) c.1686C>G單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌發(fā)病風(fēng)險的相關(guān)性。
　　3.研究人類8-羥基鳥嘌呤DNA糖苷酶基因1(OGG1) c.269C>A單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌發(fā)病風(fēng)險的相關(guān)性。
　　4.探討人類8-羥基鳥嘌呤DNA糖苷酶基因1

2、(OGG1) c.627T>C單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌發(fā)病風(fēng)險的相關(guān)性。
　　材料和實驗方法:
　　1.對于XRCC1基因研究中:病例組為328例漢族胰腺癌患者靜脈血液樣本;對照組為350例排除腫瘤性疾病的同期住院患者靜脈血液樣本,胰腺癌發(fā)病風(fēng)險因素選擇性別、年齡、飲酒、吸煙、糖尿病、體重指數(shù)、家族史因素等。所有病例均來自第三軍醫(yī)大學(xué)三所附屬醫(yī)院,住院時間從2009年1月至2012年10月。
　　2.在人OGG1基因研究

3、中:將347例漢族胰腺癌患者靜脈血液樣本納入病例組;364例排除腫瘤性疾病的同期住院患者靜脈血液樣本納入對照組,胰腺癌發(fā)病風(fēng)險因素選擇性別、年齡、飲酒、吸煙、糖尿病、體重指數(shù)、家族史因素等。所有病例均來自從2009年1月至2012年10月的第三軍醫(yī)大學(xué)三所附屬醫(yī)院住院患者。
　　3.采用病例-對照研究方法,CRS-PCR分型技術(shù)對X R C C1基因c.1471G>A多態(tài)基因型進行檢測;以PCR-RFLP對c.1686C>G位點多

4、態(tài)基因型進行檢測。利用卡方(X2)檢驗分析,以評估基因型和等位基因頻率的Hardy-Weinberg平衡。針對臨床胰腺癌發(fā)病相關(guān)因素,通過卡方(X2)檢驗分析,篩選影響胰腺癌發(fā)病的獨立危險因素。非條件Logistic回歸分析來估計比值比(OR)及其95％可信區(qū)間(CI),對上述單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌風(fēng)險性行關(guān)聯(lián)分析,P值<0.05表示有顯著統(tǒng)計學(xué)意義。
　　4.采用病例-對照研究方法,以PCR-RFLP及PCR-RFLP分型技術(shù)對

5、O G G1基c.269C>A、 c.627T>C位點多態(tài)基因型進行檢測。針對臨床胰腺癌發(fā)病相關(guān)因素,通過卡方(X2)檢驗分析,篩選影響胰腺癌發(fā)病的獨立危險因素。利用卡方(X2)檢驗分析,以評估基因型和等位基因頻率的Hardy-Weinberg平衡,選擇非條件Logistic回歸分析方法,對上述單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌遺傳易感性進行關(guān)聯(lián)分析,P值<0.05表示有顯著統(tǒng)計學(xué)意義。
　　實驗結(jié)果:
　　1.總共有678名受試者參與

6、人類XRCC1基因2個單核苷酸多態(tài)性位點與胰腺癌風(fēng)險性關(guān)聯(lián)的研究中,其中包括328胰腺癌患者和350名健康對照者。
　　就胰腺癌組與對照組在性別,年齡,吸煙情況,飲酒,體重指數(shù),糖尿病,和胰腺癌家族史的對照研究中,提示病例組和無癌對照組基因型分布符合Hardy-Weinberg分布(P值均>0.05),表明入選病例樣本具有群體代表性。
　　2.研究中驗證了XRCC1兩個多態(tài)位點有基因突變的情況存在。
　　人類XRCC1

7、 cDNA1471位點上G與A之間的變異;人類XRCC1基因cDNA1686位點上 C與G之間的變異。其中 cDNA1471位點上的突變屬于非同義突變,采用CRS-PCR方法進行基因分型,顯示XRCC1基因13號外顯子上G到 A的突變,導(dǎo)致編碼的氨基酸由谷氨酸變?yōu)橘嚢彼?Glu491Lys, GenBank IDs:NC_000019.9, NM_006297.2, and NP—006288.2)。這種遺傳變異的PCR擴增產(chǎn)物用Alw

8、NI限制性內(nèi)切酶,并分成3種基因型:GG(198bp和19bp),GA(217 bp,198 bp,和19 bp)和AA(217 bp)。cDNA1686位點突變是同義突變,采用PCR-RFLP檢測方法進行基因分型。它在人類XRCC1基因的15號外顯子中造成C到 G的突變(亮氨酸562亮氨酸)。這種遺傳變異的PCR擴增產(chǎn)物被M boI限制性內(nèi)切酶分為3種基因型:CC(232bp),CG(232bp,181bp和51bp),GG(181b

9、p和51bp)。
　　3.在基因型和等位基因頻變方面,胰腺癌組對比與非腫瘤組,呈現(xiàn)出XRCC1基因 cDNA1471位點A向G突變;X R C C1基因cDNA1686位點上G向C的變異。
　　通過分析基因頻變和基因分型,我們發(fā)現(xiàn):胰腺癌組對比非癌組,等位基因G和等位基因C分別在X R C C1基因cDNA1471位點和cDNA1686位點上占據(jù)主導(dǎo)地位。在cDNA1471位點(胰腺癌組:G,71.49%,A,28.51%;

10、非癌組:G,62.00%,A,38.00%;x2=13.7203,P=0.0002);在cDNA1686位點(胰腺癌組:C,72.87%,G,27.13%;非癌組:C,65.14%,G,34.86%,x2=9.4227,P=0.0021)。同時,對比兩組基因分型數(shù)據(jù)顯示:胰腺癌組與非癌組變化不一樣,有顯著統(tǒng)計學(xué)差異,cDNA1471位點(X2=12.8496,P=0.0016); cDNA1686位點(x2=8.8232,P=0.000

11、2)。
　　4.通過分析顯示:人類X R C C1基因cDNA1471位點和cDNA1686位點堿基突變,可能和胰腺癌的發(fā)生風(fēng)險性存在相互關(guān)聯(lián)的現(xiàn)象。
　　對于X R C C1基因cDNA1471位點,等位基因A向G的突變,會增加患胰腺癌的風(fēng)險性。純合子比對(AAvs.GG: OR=0.43,95%CI(0.26-0.70),七=11.91,P=0.001),雜合子比較(GA vs.GG提示:OR=0.72,95%CI(0.

12、52-1.00),七=4.01,P=0.045),顯性模型比較(AA/GA vs.GG提示:OR=0.63,95%CI(0.47-0.86)，=8.65,P=0.003),隱性模型比較(AAvs.GA/GG提示:OR=0.50,95%CI(0.31-0.79),x2=8.82,P=0.003)和等位基因?qū)Ρ?A vs.G提示 OR=0.65,95%CI(0.52-0.82),七=13.71,P<0.001)。同時,在X R C C1基因

13、cDN1686位點,等位基因G向C的突變,導(dǎo)致胰腺癌發(fā)病的風(fēng)險性提升。純合子比較(GG vs.CC: OR=0.48,95%CI(0.29-0.81),x2=7.98,P=0.005),優(yōu)勢模型(GG/GC vs.CC: OR=0.69,95%CI(0.51-0.93),七=5.99,P=0.014),隱性模型(GG vs.GC/CC: OR=0.55,95%CI(0.34-0.89),七=5.98,P=0.014),而等位基因?qū)Ρ?G

14、vs.C: OR=0.70,95%CI(0.55-0.88),x2=9.42,P=0.002)。
　　5.總共有711名參研對象被納入人類OGG1基因2個單核苷酸多態(tài)性位點與胰腺癌風(fēng)險性關(guān)聯(lián)的研究中,包括347例胰腺癌患者和364例非癌對照者。
　　胰腺癌組與對照組(性別,年齡,吸煙情況,飲酒,體重指數(shù),糖尿病及胰腺癌家族史)的分類研究中,采用卡方檢驗,顯示無明顯統(tǒng)計學(xué)差異(P值均>0.05),提示胰腺癌組和非癌對照組基因分

15、型無顯著偏離,遵守Hardy-Weinberg平衡。
　　6.驗證了人類OGG1基因2個單核苷酸多態(tài)性位點中有基因突變的位點存在。
　　人類O G G1基因cDNA269位點上等位基因C與A之間的變異;人類O G G1基因cDNA269位點上cDNA627位點上等位基因T與C之間的變異。采用CRS-PCR方法進行基因分型,發(fā)現(xiàn)cDNA269位點上存在非同義突變,其中人類O G G1基因2號外顯子上A到C的突變,使得最后翻譯的

16、氨基酸由脯氨酸變?yōu)楣劝滨０?Pro90Gln, reference sequences GenBank ID nos. NG—012106.1, NM—002542.5and NP—002533.1)。HpaII限制性內(nèi)切酶將這種遺傳變異的PCR擴增產(chǎn)物,分成3種基因型:CC(192 bp、18 bp), CA(210 bp、192 bp、18bp),AA(210bp)。而 cDNA627位點突變是同義突變,它在人類OGG1基因的4號外

17、顯子中造成C到 T的突變(絲氨酸209絲氨酸)。通過PCR-RFLP方法進行基因分型檢測。這種遺傳變異的P C R擴增產(chǎn)物用限制性內(nèi)切酶HhaI酶切,得到3種基因型:TT(243 bp), TC(243 bp、164 bp、79 bp), CC(164 bp、79 bp)。
　　7.對比胰腺癌組與非腫瘤組,在基因型和等位基因頻變方面顯示:人類 OGG1
　　基因cDNA263位點等位基因A向G突變;人類O G G1基因cDN

18、A627位點上C向G的變異。
　　實驗數(shù)據(jù)提示:胰腺癌組對比非癌組,占據(jù)主導(dǎo)地位的等位基因,分別是人類O G G1基因 cDNA263位點上的等位基因C和cDNA627位點上的等位基因T。在cDNA263位點(胰腺癌組:C,72.77%; A,27.23%;非癌組:C,64.70%; A,35.30%; X2=10.7453,P=0.0010);在cDNA627位點(胰腺癌組:T,72.91%; C,27.09%);非癌組:T,6

19、6.07%; C,33.93%; x2=7.8271,P=0.0051)。此外,對比兩組基因分型數(shù)據(jù),胰腺癌組與非癌組變化不一致,有顯著統(tǒng)計學(xué)差異,cDNA263位點(x2=10.7380, P=0.0047); cDNA627位點(x2=7.3475, P=0.0254)。
　　8.通過分析顯示:人類O G G1基因cDNA263位點和cDNA627位點單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌發(fā)生的風(fēng)險性存在一定的關(guān)聯(lián)。
　　對于人類OGG

20、1基因cDNA263位點,等位基因A向C的突變,胰腺癌發(fā)生的概率會增加。純合子比對(AAvs.CC, OR=0.44,95% CI(0.27-0.73),Z=3.18, P=0.001);雜合子比較(AA/CA vs. CC,OR=0.69,95%CI(0.52-0.93),Z=2.42,P=0.015);顯性模型(AA/CAvs. CC,OR=0.69,95% CI(0.52-0.93), Z=2.42, P=0.015);隱性模型(

21、AA vs. CA/CC, OR=0.49,95% CI(0.31-0.80),Z=2.88, P=0.004);等位基因?qū)Ρ?Avs. C, OR=0.69,95% CI(0.55-0.86), Z=3.27, P=0.001)。同時,人類OGG1基因cDN1686位點上,等位基因C向T的突變,使得胰腺癌發(fā)病的風(fēng)險性上升。純合子比較(CC vs. TT, OR=0.57,95% CI(0.35-0.94), Z=2.19, P=0.0

22、28;雜合子對比(TC vs. TT, OR=0.71,95% CI(0.52-0.97), Z=2.13,P=0.033);顯性模型對比(GG vs. GC/CC,OR=0.55,95%CI(0.34-0.89),七=5.98,P=0.014);隱性模型對比(CC vs. TC/TT,OR=0.67,95%CI(0.42-1.07),Z=1.66 P=0.096);等位基因?qū)Ρ?C vs.T,OR=0.72,95% CI(0.58-0

23、.91), Z=2.79, P=0.005)。
　　結(jié)論:
　　1.在人OGG1基因中,c.269 C>A的等位基因A和c.627 T> C的等位基因C是預(yù)防胰腺癌的保護基因(c.269C>A中 A vs.C, OR=0.69,95% CI(0.55-0.86),P<0.001; c.627T>C, C vs T, OR=0.72,95% CI(0.58-0.91), P=0.005)。
　　2.本研究的結(jié)果表明,在西

24、南地區(qū)漢族人口中,人OGG1基因c.269C> A和c.627 T> C的單核苷酸多態(tài)性可能與胰腺癌的易感性成正有關(guān)。
　　3.在XRCC1基因中,等位基因A出現(xiàn)于c.1471 G> A位點以及等位基因G出現(xiàn)于c.1686 C> G位點,有助于降低胰腺癌的風(fēng)險(c.1471G>A中A vs. G; OR=0.65,95% CI(0.52-0.82), x2=13.71, P<0.001; c.1686C>G中 GvsC,0R=0.