直腸癌新輔助放化療敏感性相關(guān)基因的篩查、驗證及應(yīng)用.pdf

1、目的:
　　應(yīng)用基因芯片技術(shù)在組織樣本中初步篩選與直腸癌新輔助放化療敏感性相關(guān)的基因，并通過熒光定量PCR和免疫組織化學(xué)分別在mRNA水平和蛋白水平進一步驗證候選基因，從而發(fā)現(xiàn)在直腸癌新輔助放化療敏感性預(yù)測方面有價值的預(yù)測因子。
　　方法:
　　第一部分:
　　收集直腸癌患者新輔助放化療前的活檢組織樣本共16例，按照術(shù)后病理分期將其分為病理完全緩解組(pCR組)和未達病理完全緩解組(npCR組)，每組8例。采用H

2、uman Genome GeneChip plus U1332.0 Array芯片進行基因表達譜分析。使用Significance Analysis of Microarrays(SAM)篩選pCR組和npCR組之間的差異表達基因，確定候選基因;利用DAVID Bioinformatics Resources6.7進行KEGG通路分析和GO生物學(xué)功能分析。
　　第二部分:
　　收集另一批直腸癌患者新輔助放化療前的活檢組織樣本

3、共95例，按照術(shù)后病理分期將其分為兩組，其中pCR組27例，npCR組68例。選取其中63例樣本，應(yīng)用熒光定量PCR對候選基因的mRNA表達水平進行驗證;選取其中52例樣本，應(yīng)用免疫組織化學(xué)方法對熒光定量PCR驗證有差異的候選基因進行蛋白表達水平的驗證。使用SPSS19.0對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計學(xué)分析。
　　結(jié)果:
　　第一部分:
　　通過全基因組表達譜芯片分析，我們得到在pCR組和npCR組之間的表達有差異的839個基因，其

4、中362個基因在表達下調(diào)，477個基因表達上調(diào)。KEGG通路的分析結(jié)果顯示，差異表達的基因主要與9個基因通路密切相關(guān)，包括免疫相關(guān)通路如抗原處理與提呈，代謝相關(guān)通路如胰島素通路以及核糖體相關(guān)通路。GO分析的結(jié)果顯示，差異表達基因主要與95個生物學(xué)反應(yīng)過程相關(guān)，包括翻譯、免疫應(yīng)答、凋亡、蛋白運輸、炎性反應(yīng)等。通過進一步限定P值(P＜0.01)和Fold change值(FC＜0.5或FC＞2)，我們得到7個候選的差異表達基因，分別為CHF

5、R、CXCL10、CXCL9、GBP1、HOXB8、HPGD和PLA2G7。
　　第二部分:
　　對熒光定量PCR的結(jié)果分析發(fā)現(xiàn)，CHFR、CXCL9、HOXB8、HPGD和PLA2G7 mRNA的平均表達水平在pCR組和npCR組之間的差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(P＞0.05)，CXCL10和GBP1 mRNA的平均表達水平在pCR組和npCR組之間差異具有統(tǒng)計學(xué)意義（P＜0.05）。用二分類法將各基因的mRNA表達水平分為高表達

6、組和低表達組后進行了卡方檢驗，結(jié)果顯示，CXCL9、HOXB8、HPGD和PLA2G7表達水平在pCR組和npCR組之間的差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(P＞0.05)，CHFR、CXCL10和GBP1 mRNA的表達水平在pCR組和npCR組之間差異具有統(tǒng)計學(xué)意義（P＜0.05）。其中，CHFR、CXCL10或GBP1高表達的患者對新輔助放化療的敏感性可能較好(OR:3.13，95％ CI:1.00-9.77; OR:4.45，95％ CI:1.

7、36-14.59; OR:3.90，95％ CI:1.19-12.84)。受試者工作特征曲線(ROC)分析結(jié)果顯示，CHFR、CXCL10和GBP1的曲線下面積(AUC)分別為0.68，0.72和0.69。CXCL10和GBP1的蛋白表達水平在pCR組和npCR組之間差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(P＞0.05)。
　　結(jié)論:
　　1.通過全基因組表達譜芯片初步篩選直腸癌新輔助放化療敏感性相關(guān)基因，同時使用熒光定量PCR對芯片結(jié)果進行大