利用基因芯片解析金柑和紐荷爾應答潰瘍病的轉(zhuǎn)錄差異.pdf

1、柑橘潰瘍病是柑橘的主要病害之一，本研究以柑橘潰瘍病感病品種紐荷爾甜橙和抗性品種寧波金柑為材料，使用基因芯片技術(shù)分析兩者在接種潰瘍病致病菌后的基因表達譜差異，并使用半定量PCR驗證了基因芯片結(jié)果的可靠性，最后應用生物信息學對差異表達基因進行功能分析。結(jié)果如下：
　　 1.柑橘潰瘍病致病菌離體接種試驗表明，接種后葉片出現(xiàn)典型病發(fā)癥狀的時間在3-5天，第5天發(fā)病率為近100％。
　　 2.芯片結(jié)果利用R軟件bioconduct

2、or平臺下的RankProd芯片統(tǒng)計軟件包對Affymetrix芯片雜交結(jié)果的CEL文件進行自主分析，以|Fold-Change|＞=4，F(xiàn)DR＜=0.5為標準篩選差異基因，篩選結(jié)果表明：紐荷爾上調(diào)基因610個，下調(diào)基因714個；金柑上調(diào)基因530個，下調(diào)基因264個；其中金柑與紐荷兒共上調(diào)基因150個，共下調(diào)基因80個；金柑中上調(diào)倍數(shù)高于紐荷爾的基因97個，金柑中上調(diào)紐荷爾中下調(diào)的基因為5個；金柑中特異上調(diào)基因376個。取統(tǒng)計分析結(jié)果

3、中二者共上調(diào)且金柑中上調(diào)倍數(shù)高于紐荷爾的基因97個，金柑上調(diào)紐荷爾下調(diào)的基因5個，金柑中特異上調(diào)的基因376個，共478個基因進行生物信息學分析，用Annot8r生物信息學軟件對478個基因進行了功能注釋包括GO、EC。結(jié)果表明其中存在許多已經(jīng)報道過具有抗病相關功能的基因，如水楊酸、茉莉酸、類黃酮、HR、SAR、氣孔調(diào)節(jié)、激素運輸、乙烯、類苯基丙烷、木質(zhì)素等相關抗病基因。除此之外，在研究中還有許多未報道的但差異表達顯著的基因，其功能有待