不同分化程度的鼻咽癌組織定量蛋白質組學研究.pdf

1、鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)具有顯著的地理和種族分布特征,是我國南方及東南亞地區(qū)最常見的惡性腫瘤之一,具有發(fā)病部位隱匿,早期癥狀不明顯,容易延誤診斷等臨床特點,發(fā)病率和死亡率均居頭頸部惡性腫瘤之首。其病理組織學類型以低分化或未分化癌多見,約占NPC初診病例的97％以上。目前的研究結果認為NPC的發(fā)病與遺傳因素、EB病毒感染和環(huán)境因素有關,但不同分化程度的NPC發(fā)病機制仍不清楚。
　　 蛋白質

2、組學作為一種高通量研究手段,能廣泛覆蓋研究對象某個病理生理階段下的蛋白質組,獲得全面的新的信息；比較同一研究對象不同狀態(tài)下的蛋白質組差異,能為研究病因發(fā)病學和尋找新的有效的診斷和治療標志物提供新的手段。長久以來,鼻咽癌組織的蛋白質組學研究局限于正常鼻咽上皮和單一組織學類型的低分化或未分化鼻咽癌組織間的比較分析。高分化鼻咽癌的新鮮組織標本在短時期內難以收集,成為研究NPC分化機制的瓶頸。
　　 近年興起的以福爾馬林固定-石蠟包埋(

3、formalin-fixed paraffinembedded,FFPE)組織為研究對象的蛋白質組學打破了長久以來蛋白質組學以新鮮冰凍組織標本為研究對象的傳統(tǒng)模式,創(chuàng)新性地提出“FFPE組織標本可以替代新鮮組織用于蛋白質組學研究,進行腫瘤標志物和治療靶標的搜尋工作”。FFPE組織標本與新鮮組織標本相比,最大的優(yōu)勢在于豐富的庫存資源和完善的診斷治療預后等臨床資料,因此,FFPE蛋白質組學具有傳統(tǒng)蛋白質組學不可比擬的優(yōu)越性。
　　

4、本研究借助FFPE組織豐富的庫存優(yōu)勢,首次針對三種不同分化類型的鼻咽癌組織進行了定量蛋白質組學研究,建立了鼻咽癌不同分化類型的差異蛋白質組數(shù)據(jù)庫。采用的是SDS組織裂解液萃取FFPE組織蛋白質,結合iTRAQ標記定量技術和2D LC-MS/MS蛋白質組學技術路線。這也是首次將iTRAQ標記技術應用于SDS裂解液萃取的FFPE組織來源的蛋白質組。實驗結果表明,所得到的鼻咽癌FFPE組織的蛋白質組與新鮮組織來源的無明顯差異。經免疫組化和We

5、stern blot驗證,iTRAQ標記定量技術與FFPE組織來源的蛋白質兼容,并且定量數(shù)據(jù)準確可靠。研究得到了730個非冗余蛋白質,其中531個有定量信息,隨鼻咽癌分化程度降低而表達上調的141個,表達下調的140個,呈波動性變化的157個。運用Cytoscape軟件從中篩選出146個與“cancer AND differentiation”密切相關的差異蛋白質,并得到鼻咽癌分化相關蛋白質的相互作用網絡圖。根據(jù)GO分類將定量蛋白質按細

6、胞組份、分子功能、生物學過程進行分類,將三類不同分化程度的鼻咽癌組織中表達的蛋白質串聯(lián)成一幅動態(tài)變化的圖譜,發(fā)現(xiàn)隨著NPC分化變差,細胞生長增殖加速、細胞凋亡減少、免疫防御機制減弱、DNA修復失效、能量代謝更旺盛。另外,根據(jù)差異蛋白質編碼基因的染色體定位分類,能找到參與鼻咽癌分化過程最活躍的染色體區(qū)域。其中12號染色體上聚集了最多的隨鼻咽癌分化程度降低而表達升高的蛋白質編碼基因,約占表達升高組的10.6％。
　　 本研究首次以鼻