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文檔簡介
1、Discodermolide是從加勒比深海的海綿Discodermia dissoluta中分離得到的一類多羥基-δ-內(nèi)酯類化合物，它是一類新型的微管穩(wěn)定因子。本文采用分子對接的方法，系統(tǒng)地研究了discodermolide的作用機理，并在分子對接的基礎上，進行了定量構效關系(quantitative structure activity relationship，QSAR)的研究，從而對其結構改造提出了指導性的建議。 本文采用
2、FlexX分子對接的方法，系統(tǒng)地研究了discodermolide與β-微管蛋白受體之間的作用模式。對接結果表明，discodermolide與受體之間的相互作用主要是通過氫鍵相互作用、疏水相互作用和靜電相互作用。根據(jù)discodermolide在β-微管蛋白中的位置，對接結構可分為四種模型。在這四種模型中，模型Ⅰ和Ⅱ與文獻中的一致，模型Ⅲ和Ⅳ是我們提出的新構型。從氫鍵的位置、成功對接的個數(shù)和SAS Score等方面考查，我們認為模型Ⅲ
3、和Ⅳ更加合理。 在分子對接的基礎上，本文以33個discodermolide類似物作為研究對象，建立了兩個CoMFA QSAR模型：基于對接方式的Docking CoMFA模型和基于傳統(tǒng)疊合方式的Database Align CoMFA模型。經(jīng)過分析得出，所建立的Docking CoMFA模型具有較強的預測能力，交叉驗證相關系數(shù)(q2)為0.418，非交叉驗證相關系數(shù)(r2)為0.993，標準偏差(SEE)為0.051。通過對D
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