寡核苷酸芯片在食管癌相關(guān)基因篩選中的應用研究.pdf

1、目的:該項研究擬采用寡核苷酸芯片技術(shù)篩選食管癌相關(guān)基因并探索它們之間的調(diào)控關(guān)系.材料與方法:1、病史資料:1例組織標本由浙江大學醫(yī)學院附屬第一醫(yī)院提供.患者,男性,58歲,住院號:361149.病理診斷:食管中分化鱗癌.TNM分類:T<,4>N<,1>M<,0>.2、實驗方法:分別提取食管癌、癌旁組織、正常食管組織總RNA,以總RNA進行逆轉(zhuǎn)錄,并分別用Cy3-duTP進行標記.根據(jù)文獻報導的腫瘤相關(guān)基因共篩選288個,從Geneban

2、k中查出相應基因序列,利用探針設計軟件進行探針設計,探針長度為40bp.隨后將寡核苷酸探針點樣到經(jīng)醛基化處理的載玻片上,制成12×24矩陣.將上述制備的雜交熒光探針與芯片進行雜交,雜交溫度為40℃,雜交時間為3小時.用ScanArray3000激光掃描儀掃描芯片.所得圖象再用ImaGene4.0分析軟件進行分析,比較熒光信號強度和比值.相應癌組織、癌旁組織、正常組織信號的熒光強度必須有一個大于1000,并且兩者間相差兩倍以上才能判斷為差

3、異表達的基因.熒光強度比大于2為表達增高,小于0.5為表達降低.結(jié)論:1、基因芯片技術(shù)能快速高通量篩選與食管癌發(fā)生可能相關(guān)的基因.2、表達上調(diào)的基因如:BCL-1、BTK、JNK3A2、CST3、JAW1、Human MHC Class I HLA-A Cell Surface Antigen、TIMA1、JNK3A1、IGF1、K-ras、Human mRNA for hematopoetic proteoglycan core pr

4、otein、CD44、int-2、RIZ、MRP3、C-fos、MCAD、Homo Sapiens mRNA for leptin receptor gene-related protein可能在食管癌的發(fā)生和發(fā)展過程中有促進作用.3、表達下調(diào)的基因如:ST13、KIAA0161、SOCS-1、D123、PROS-27、IRS1、DRR1、ACTR1A、muc5ac、DP-79、APEX、SMAD3、Human colorectal m