全基因組測序檢測慢性粒單核細胞白血病相關(guān)的新的體細胞突變.pdf

1、目的：本研究通過對慢性粒單核細胞白血病患者進行全基因組測序，旨在增加對腫瘤發(fā)生過程中分子遺傳學(xué)異常的認識，尋找與疾病相關(guān)的新的體細胞突變。
　　研究對象和方法：對3例確診 CMML患者標本進行了全基因組測序分析?；蚪M DNA來源于患者初診時的骨髓標本以及口腔粘膜標本。DNA提取后首先通過Covaris系統(tǒng)片段化成大約350 bp的片段。然后對這些片段進行末端修復(fù)，加A尾，雙端加上接頭序列，再用PCR擴增構(gòu)建文庫。所得的DNA文庫

2、利用Illumina HiSeq X平臺進行150堿基長度的雙端測序。測序結(jié)果與參考序列比對，并通過生物信息學(xué)分析篩選候選體細胞突變。選擇的突變最后通過PCR和Sanger測序進行驗證。
　　結(jié)果：
　　1．3例初診CMML患者的骨髓樣本和正常對照的口腔粘膜組織樣本進行了全基因組測序分析，總共獲得了806.43Gb的原始數(shù)據(jù)量，最小平均測序深度為30.76×，6份樣本的全基因組覆蓋率均達到98％以上。
　　2．分別在3

3、例CMML患者中發(fā)現(xiàn)了2184個、5039個和1945個體細胞單核苷酸突變，其中位于外顯子編碼序列區(qū)域的突變分別為10個、31個和8個。體細胞插入/缺失在3例患者中的分布分別為35個、71個和27個，但僅有1個移碼插入/缺失位于外顯子編碼序列區(qū)域。
　　3．根據(jù)基因注釋結(jié)果，確定了22個具有蛋白改變功能的體細胞突變，分別為1個外顯子移碼插入/缺失、18個錯義單核苷酸突變、2個終止子增加突變和1個終止子丟失突變。
　　4．為了

4、篩選出新的 CMML相關(guān)突變，我們檢索了 dbSNP數(shù)據(jù)庫以及COSMIC腫瘤體細胞突變數(shù)據(jù)庫，確定了5個候選突變，并進行了PCR和Sanger測序驗證，最后成功驗證了3個錯義單核苷酸突變，分別定位于基因AKAP4、COL2A1和MAML1。
　　結(jié)論：
　　1．在分子遺傳學(xué)層面，CMML所涉及的突變基因復(fù)雜多樣，具有高度異質(zhì)性。
　　2.通過對3例CMML患者進行全基因組測序以及Sanger測序驗證確定了新的體細胞突