SARS病人肺部組織cDNA文庫(kù)的分析.pdf

1、2002年11月,中國(guó)廣東出現(xiàn)了一種新的傳染病,嚴(yán)重急性呼吸道綜合癥(SARS),疾病迅速向全世界傳播,感染的死亡率約為10％。SARS冠狀病毒(SARS-Coy)被確認(rèn)為是這種傳染病的病原體。SARS在2003年冬天至2004年春天,出現(xiàn)了第二輪零星的發(fā)病個(gè)案。
　　 SARS通過(guò)多種因素造成了肺部的損傷,發(fā)病機(jī)理十分復(fù)雜。宿主對(duì)病源體SARS冠狀病毒的反應(yīng)的分子機(jī)制仍然很不清楚。
　　 本研究對(duì)一份SARS病人肺部尸

2、檢組織的樣本構(gòu)建了cDNA文庫(kù),并進(jìn)行詳盡的分析。文庫(kù)的構(gòu)建使用隨機(jī)引物,測(cè)序的10870個(gè)克隆可以拼接成270個(gè)拼接序列(contig)及7710個(gè)單克隆(singleton)。文庫(kù)中發(fā)現(xiàn)了SARS冠狀病毒的RNA序列及其他肺炎相關(guān)微生物的序列。
　　 完成拼接的序列通過(guò)與人類(lèi)基因組及核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì),確定了7872個(gè)序列來(lái)自人類(lèi)肺部組織,這些序列中,僅有占總數(shù)14.10％的序列與人類(lèi)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列具有顯著相似性,36.

3、56％的序列與人類(lèi)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列具有顯著相似性,其余大部分的序列是全新的轉(zhuǎn)錄本。同時(shí)發(fā)現(xiàn),587個(gè)序列與非編碼RNA具有顯著的相似性,其中283個(gè)序列既能與編碼基因比對(duì)得上,又能夠與非編碼轉(zhuǎn)錄本比對(duì)得上。這些結(jié)果與當(dāng)前在哺乳動(dòng)物基因組研究上的很多觀點(diǎn)一致,如大部分的基因組是轉(zhuǎn)錄的,總RNA中存在著大量的不具有Poly(A)尾巴的轉(zhuǎn)錄本(即poly A-RNA),轉(zhuǎn)錄的情況比原來(lái)的認(rèn)識(shí)要復(fù)雜得多等。
　　 通過(guò)相似性搜索,本研究表

4、列整理出了文庫(kù)中免疫相關(guān)的基因,這有助于了解宿主免疫系統(tǒng)對(duì)SARS冠狀病毒感染的反應(yīng)。
　　 本研究從NCBI dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了來(lái)自腫瘤、胎兒及正常成人等6個(gè)人類(lèi)肺部cDNA文庫(kù),通過(guò)基因本體論(GO)的注釋系統(tǒng),將SARS冠狀病毒感染的文庫(kù)與這些文庫(kù)進(jìn)行基因表達(dá)譜的比較。比較發(fā)現(xiàn),與其他文庫(kù)相比,人類(lèi)內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒(HERV)、突觸相關(guān)蛋白、發(fā)動(dòng)機(jī)蛋白和信號(hào)傳導(dǎo)蛋白等的表達(dá)在SARS冠狀病毒感染的文庫(kù)中較為活躍。

5、r>　　 分析結(jié)果提示,在SARS病人生命最后階段的肺部組織中,SARS冠狀病毒的RNA在轉(zhuǎn)錄本中大量存在,伴隨著好幾種類(lèi)型的并發(fā)感染,同時(shí),SARS冠狀病毒可能依然活躍地在細(xì)胞間傳播。
　　 分析結(jié)果提供了更進(jìn)一步研究SARS病理學(xué)的基礎(chǔ),提升了當(dāng)前對(duì)于宿主感染SARS冠狀病毒后的反應(yīng)在轉(zhuǎn)錄水平上的認(rèn)識(shí)。另外,這些數(shù)據(jù)對(duì)于人類(lèi)基因組轉(zhuǎn)錄本,特別是對(duì)poly A-RNA轉(zhuǎn)錄本是一個(gè)有用的補(bǔ)充。
　　 SARS冠狀病毒感